財政困難的到解決之後，朱由榔的心思也活絡了起來。
之前他已經讓李景興、郭恪開始在肇慶府周圍征募士兵，也已經有四千多人，當然，這些剛剛應征的青壯還沒有真正形成戰鬥力。
不過朱由榔卻是已經想通過李景興他們來嚐試改變這時候大明軍隊中墮落腐敗的成例。
明朝立國之時，在軍製上建立了衛所軍戶製，簡單來說就是軍屯。
朝廷給各個衛所分有田地，軍戶們平時組織耕種，上交糧食，戰時披甲持械，編入軍隊。
而士兵的糧餉就直接從屯田所得分發提供，正如朱元璋吹噓的那樣，“朕為國養兵百萬，不費百姓一粒米”。
不過這種製度卻並非什麼千秋萬代之計，事實上衛所製度在太祖、成祖建國初期時自然戰力彪悍，仁宗、宣宗也還算能夠維持。但自從“叫門天子”朱祁鎮土木堡之後，隨著大量勳貴和精銳衛所力量的滅亡，成為了壓垮這一製度的重要一錘。
究其原因，其實無非封建王朝的根本問題：“土地兼並”。衛所製度的前提是要能夠有足夠土地讓衛所軍戶們組織生產，自給自足。可明朝中期以後，土地兼並日益嚴重。
在外部，地方有背景的豪紳大族、各地宗室王府、太監外戚，甚至還有天子的皇莊都在蠶食吞並衛所軍屯土地。在內部，那些世襲罔替的衛所高級軍官也隨著腐化墮落，最終搖身一變成為了大地主，將剩下的軍屯土地視為私產，把衛所軍戶看作自家佃農。
如此狀況之下，軍戶們不堪壓迫，紛紛大量逃亡，剩下沒跑的也退化成了軍官的私人佃戶，更談不了什麼戰鬥力了。
最終，到了嘉靖時期，衛所軍製的崩壞已經成為眾所周知的事實，就連朝廷和皇帝也不再抱以期望。所以才會有後來張居正支持下，戚繼光戚爺爺招募編練新軍，剿滅倭患，防備韃虜。
而萬曆以後，明朝的主要軍事力量也就逐漸以領軍餉銀兩的募軍為主了。
但到了崇禎年間，就連募軍也開始崩壞了，九邊軍將把士卒視為私產，喝兵血、吃空餉成為常例，再然後國家財政拖垮後，便連這點被層層盤剝軍餉都發不出來了，邊軍將領世襲罔替，徹底淪為軍閥做派，尤其以遼東為甚。
這導致整個大明朝的軍隊戰鬥意誌極低，當清軍入關南下時，隻要能承諾發軍餉、給飯吃，便會有成片成片的“大明將士”們倒戈投降，而那些把軍隊視為財產的軍閥們又怎麼會為了朝廷損害自己實力？無不望風倒戈而降。
所以想要擴軍，第一個擺在朱由榔麵前的問題就是如何杜絕或者緩解這些大明軍隊的痼疾。
明朝滅亡的原因有很多，但軍製崩壞、軍隊腐化墮落，欠餉、貪腐嚴重，軍閥化嚴重絕對是極其重要的一條。
想到這些，朱由榔在得到消息的第二天就召集三位內閣大臣和各個主要部門負責人開了一次軍政會議，而討論主題也很簡單，那就是擴軍和軍製改革。
“陛下，臣以為規範改革軍製，雖是好事，畢竟自甲申以後，國家淪喪，顧不得許多，乃至於軍旅統帥混雜，調動複雜，若能統一軍製、隸屬、號令必能增健戰力。不過.......\"
瞿式耜作為首輔，最先獲知了朱由榔的想法，先是表示讚同，但卻也潑了冷水。
”軍製改革是大事，自萬曆以來，軍中以兵為私、視軍為財，哦，也就是陛下所言的\"軍閥作風\"已為常例，若是朝廷改革過激，隻怕......有蕭牆之禍啊“
瞿式耜話說得委婉，但這意思大家都聽得明白。旁邊站著的一眾大臣也在思索著。
朱由榔自然也曉得瞿式耜所說，這些各路兵馬總兵、指揮使大人們目前雖然看起來忠心，可要一旦觸犯了他們的個人利益，誰知道會不會鬧出一個清君側或是直接投了清軍？
故而，想要改革軍製的前提必須是能穩住各路兵頭們。
這時，之前不討朱由榔喜歡的吏部尚書何騰蛟倒是接口了
“據臣對那些個兵頭將佐們的了解，其實也未必就有敢反的膽子，隻要能徐徐圖之，他們也不敢太和朝廷對著幹。畢竟事到如今，其他地方且不提，就兩廣而言，各路兵馬還是要仰仗朝廷糧餉的。”
“而且潮惠、漳州大捷之後，陛下軍中威勢已成，主要幾位領兵文武將臣如廣州總兵餘龍、閩南巡撫張家玉、廣東巡撫陳邦彥、以及廣西曹曄部均是朝廷心腹，且也已能掌控本部軍伍，若欲行新製，完全可以這幾部先行。”
自從潮惠大捷之後，何騰蛟的心境受到了很大衝擊。過去，他被天子召回肇慶，心中是極為憤懣的，覺得這新上任的小皇帝實在荒唐，偏信瞿式耜、呂大器等，對軍務毫無了解還橫加幹涉。
但潮惠大捷之後，他雖然還是沒有覺得自己在湖廣的抗清政策有問題，但卻不得不承認這位新天子並非懦弱無主見之君。
知道今天禦前會議要討論軍製改革和擴軍問題，他好是精心準備思考了一番，算有有備而來，想在天子表現一下，證明自己是“知兵”的。
朱由榔倒是點頭表示認同，何騰蛟這話還是挺靠譜的，所謂改革還是先得有個試點才好。否則也不知道後果，一通胡亂操作，把小朝廷給改沒了怎麼辦？
“那何卿以為這軍製改革當以何入手？”
朱由榔鄭重的提問，這讓何騰蛟心中歡喜，道天子總算明白我何騰蛟並非等閑之輩了。
“陛下之前所說的軍中弊病臣以為歸納起來分為三類。一曰糧餉，即空額、貪墨、侵吞嚴重，兵無所養，自然無鬥誌可言；二曰跋扈，軍將自專威福，官爵世襲罔替，豢養家丁，視兵馬為私產；三曰亂製，指揮權職不明，或歸督撫、或歸兵部、或歸總兵，上官無數，難知令之所出。”
朱由榔聽得全神貫注，偶爾發言附和
何騰蛟見狀自信的接著說
“既然要徐徐圖之，臣以為可先下三劑緩藥。”
“其一，此次朝廷擴軍，可由兵部派人直接在各府縣設卡征募，再統一分配給各軍，如此安家耗費銀兩不必經軍中將佐之手，使兵士先知朝廷，而後知軍將。”
“其二，之前各地兵馬所轄繁雜，如今衛所崩壞，募軍雜亂，當將現有軍士一並重新合編，廢衛所、募軍名號，重設五軍都督府統轄。”
一眾君臣聽到這裏也很是讚同，何騰蛟的建議看起來動作很大，其實都沒有直接對現有軍隊編製動刀子，而是先把募兵權收回兵部，再將現有軍隊混亂的統轄體係規範而已。一方麵可以加強朝廷對各軍統轄力度，另一方麵通過中央統一募兵限製了各軍的獨立性。
“其三，可以由朝廷向各軍派駐文臣，以作監軍！”
聽到這第三條建議，旁邊一直沉默，但卻分管軍務，在這次會議中舉足輕重的內閣輔臣呂大器表示了反對
“老臣以為，此議不妥，所謂大軍作戰，軍令第一，我朝以文製武是常例，若向軍中派駐監軍，臨機決斷之時難免衝突。”
這話說的委婉，其實就是怕外行指揮內行而已。因為即使明朝文人統兵是常事，但那是以文官作為統帥，而武將執行。現在直接向各軍派駐監軍，卻是讓文官直接幹預具體戰術指揮，那就是另一回事了。
但朱由榔此時有著更多思考，他想到了後世軍隊中的政治委員，此時大明朝的軍隊是完全由一幫“軍閥兵頭”轄製的，如果能夠在不幹涉軍隊指揮的前提下建立一個監督體係倒也並非壞事。
他想了想開口道
“朕以為，若不是派遣監軍，而是向各軍增設一主簿、參軍，以作記錄軍功之用，位在主將之下，為屬官，如何？”
呂大器思索一二，拱手稱讚道
“皇上聖明！”