朱由榔的想法也並不複雜，一方麵通過向軍中派駐文官統計軍功，既能一定程度上限製虛報軍功等不良現象，另一方麵也能起到部分監視作用。
而更重要的是，這些參軍、主簿是軍中主將的屬下，但又不能由主將任免，既不可能幹涉的到主將決策，又能讓主將有所忌憚。
接著，一眾君臣又討論了一個多時辰，從糧餉問題到募兵工作，從轄製問題到文武分野，嘰嘰喳喳鬧了半天，總算定下了一個基本方案。
首先，撤銷現有的衛所、募兵編製，重新設立都督府統一管轄。
在這一點上，瞿式耜、何騰蛟是主張直接使用過去的五軍都督府編製，但朱由榔卻是讚同了呂大器的觀點。即現在局勢已經不需要過去那種五軍分立的分權思想了，當務之急，不如直接學習太祖皇帝打天下時建立的大都督府，由天子親任天下兵馬大都督。
不過朱由榔取“驅除韃虜、光複中華、重昭社稷、救濟斯民”北伐口號中的“光複”二字，給這個大都督府重新定名為光複軍大都督府，新編軍隊也以此得名為“光複軍”。
大都督府設立大都督同知一人，大都督簽事一人，大都督長史一人（均為正一品）。
大都督之下才分轄前後左右中海六軍都督（從一品），同樣設有同知、僉事、長史（正二品）。
其中海軍都督府是朱由榔所提議設立的，這是他打算留給鄭成功的位置，畢竟之前他已經封鄭成功為左都督，現在降人家官肯定不合適，幹脆給鄭成功專門設立一個官職衙門。而且在朱由榔的初步設想中，北伐滿清，鄭成功的水師將會有極大作用，獨設一軍也是早晚的事。
而其中的長史一職便是朱由榔所提出的駐軍文官，他還指定首輔瞿式耜為首任大都督府長史，並且以此為成例，日後大都督府長史均由內閣首輔兼任。
到這裏，這個光複軍的編製與之前明廷軍製差距還不大，關鍵在於五個都督府之下。
由於廢除衛所，每個都督所轄部隊便不再以衛所區分，而是直接以一個新單位“師”為單位。
每都督轄前後左右中五師，師主將為總兵（正三品），以副將、參軍為佐（從三品）。
每師又轄若幹營（無定數），營主將為參將（正四品）或遊擊（正五品），以參佐、主簿為副（正五品或正六品）。
其中參將為師的常備主力部隊，而遊擊則類似於後世“獨立師”、“獨立團”的側翼部隊。
再往下就是按照此時明軍募軍的一般編製，由哨總、把總、千總之類的轄製了。
除了編製之外，朝廷還重新理清了各品級武將所應授予的散階，比如各師正三品總兵授予昭勇將軍銜，正四品參將授明威將軍銜，這就類似於後世軍銜製度了。
除了編製問題以外，就是擴軍工作了，有了一百萬兩銀子底氣的朱由榔出手也闊綽了許多，先拿出十五萬兩銀子出來，由兵部官員出麵，讓親軍配合在肇慶、梧州、廣州、惠州、潮州等地設卡征募青壯士卒。
以明朝後期的募軍待遇，應征就給五兩安家銀，入伍後又給餉銀每月七錢，一年約九兩。
而與此同時進行的則是裁撤解散軍中四十歲以上老弱，重新補充以十五歲以上，三十八歲以下的青壯。
兵部規劃預計，此次擴軍大約兩萬三千人，再算上被裁撤的老弱，整編後的兩廣明軍應在五萬人左右。
在充足資金的潤滑下，這架吱吱呀呀的“袖珍”國家機器轉動了起來，兵部開始組織外派官吏，與此同時，之前計劃征募人才的陳子壯的工作也取得了進展。
約四百名來自兩廣、湖廣、福建各個府縣推舉的原朝中離職官吏、未出世的舉人、秀才等都向肇慶彙聚。
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郭恪擎刀候在校場一旁，陪護著天子左右視察
校場之中，塵沙飛揚，新分來的一批千餘人青壯已經在此報到，正在老兵的嗬斥聲中進行簡單隊列訓練。
軍製改革敲定之後，李景興、郭恪、趙紀三名親軍將領也得到了新的職務。朱由榔隻留下了一千兩百精銳親軍作為宿衛，剩下的所有親兵均重新編入光複軍都督府體係。
目前兩廣的五萬大軍統一編為光複中軍都督府，暫不設都督，分管五師，前師位於廣州，以原廣州總兵餘龍為前師總兵；中師位於肇慶，以原廣海衛指揮使龐剛為中師總兵；右師位於漳州，以之前率軍降明的趙任為右師總兵；左師位於廣西桂林、柳州等地，以原桂林總兵趙印選為左師總兵；後師位於梧州、羅州，由原神電衛指揮使周嘉屏任後師總兵。
整編後的李景興、郭恪、趙紀三人按照品級均被授予了營參將一職，其中趙紀安排在前師廣州府那，而李、郭二人則編入中師，依舊護衛肇慶。
按照新軍製，為了做出區分不搞混，營這一編製的命名與師那樣前後左中右不同，而是以“某字營”作為命名。
比如眼前郭恪所率的便是烈字營。
而在烈字營校場上巡視了片刻的朱由榔卻是皺起了眉頭，作為以曾經天子親軍為骨幹、皇帝親信將領率領的部隊，烈字營的兵員、訓練自然都沒什麼問題，而且兵部也是將素質最好的一批新兵撥給了烈字營這種護衛肇慶的部隊。
但朱由榔卻發現了一些其他問題，那就是武器裝備。
他發現全營三千士卒，除了約兩千老卒倒還算刀槍、盾牌還算齊全，火銃、甲胄也有少量裝備率外，那一千多新卒的裝備就隻能說是簡陋了。
火銃、甲胄自不必說，就連刀劍、槍矛這種基本裝備配齊的也隻有一半，另一半則隻能拿著一些耥耙、鋤頭一類的農具乃至於削尖的竹槍一類，盾牌一看就是兵士用刀將木板簡單加工而成。
在惠州博羅的山穀之中，朱由榔可是親眼見過清軍武備如何的，不說幾乎全員著甲，火銃、弓箭裝備率高得嚇人的滿、蒙、漢八旗勁旅，就連一般的綠營降軍，基本的軍械一樣齊全，而且也有著不少火器。
就憑著這樣的武器裝備，上了戰場，與清軍對戰幾乎就是送死！
想到這裏，朱由榔轉頭向郭恪詢問
“郭卿，之前潮惠之時，我軍不是繳獲了不少軍械嗎？如今怎麼新卒都無軍械可用啊？”
郭恪也是無奈回答
“陛下，潮惠之戰，我軍雖繳獲不少，然而大軍作戰，兵械損失也是極大的。再加上本來我軍裝備就緊張，如今又擴軍兩萬，便更加不足用了。”
“工部呢？難道這麼久了，工部沒有生產軍械嗎？”
朱由榔不爽的抱怨，但他話剛出口就後悔了，旁邊的郭恪也是默然不語
哪有什麼工部啊？現在光烈小朝廷連一個工部尚書都還沒有呢！更別說去組織生產武器裝備了！
郭恪想了想，猶豫著低聲開口
“臣倒是聽說，佛山鐵冶在甲申之後就陷入混亂，但許多匠戶、爐戶都還在，若是......”
朱由榔聞言眼前一亮，他還差點忘了這茬，明朝最大的冶鐵基地之一佛山鐵冶不就在廣東嗎？自己居然還為軍械發愁！
明朝初年﹐佛山鐵冶就已經逐漸繁榮。至成化﹑弘治之際﹐佛山居民大都以鐵冶為業。佛山鎮地處西江和北江彙流處。環堡皆水﹐水上運輸便利。廣東各地采煉之生鐵﹐多順江而下﹐販運至該鎮炒鑄成熟鐵錠和其他鐵製品。
到了明朝後期，佛山出產的大量鐵器不僅提供給朝廷作為軍用、官用，而且還遠銷海外，向北出口草原，向南向東銷往東南亞、朝鮮、日本。
有這麼一座金山在，朱由榔居然還為武器擔心？