此時的司馬倫已經迫不及待地要當皇帝了。
毫無疑問，想讓司馬倫當皇帝，從而水漲船高，攫取更大權力的人是孫秀。而促使司馬倫毫不猶豫地做出這項足以使晉王朝走向最終覆滅的重大決定的直接原因，竟然是來自巫婆神漢的妄言。
史書記載，司馬倫和孫秀二人都十分迷信，這個念頭最初產生於孫秀，他讓牙門將趙豐假裝成司馬懿靈魂附身，對司馬倫下命令，要求司馬倫早日登基，拯救晉王朝。當時，說的活靈活現的：司馬懿的靈魂就站在洛陽北邊的北邙山上，在那裏施展法術，幫助趙王司馬倫。於是，司馬倫對老爸幫助作為小兒子的自己深信不疑，在北邙山上另外建設了一座司馬懿的廟宇進行供奉。
在把司馬倫的腦子弄暈以後，下麵的事情全部由孫秀張羅。
令太子詹事裴劭，左軍將軍卞粹等人充當相府從事中郎，負責具體的籌備組織工作。更使散騎常侍、義陽王司馬威充當侍中，（司馬孚曾孫，司馬望之孫，司馬洪之子，小字阿皮）與黃門郎駱休，闖入內廷，威逼司馬衷交出玉璽。司馬衷雖然蠢笨，但是也知道玉璽對於自己的重要性，就是不給，司馬威上前，強行從司馬衷懷裏奪了下來，在撕扯中間，可傻人腦子就是一根筋，司馬衷死死抱住玉璽，弄得司馬威滿頭大汗，由於用力過大，把司馬衷的手指都扭斷了，司馬衷隻好放手。
如今，我們似乎還能看到司馬衷那副委屈的麵容和一雙欲哭的眼睛。
司馬威拿到了玉璽，又和手下一道，寫下了司馬衷禪讓的詔書，蓋上玉璽。
然後，讓使持節、尚書令滿奮、尚書仆射崔隨一起把玉璽送給司馬倫。（關於滿奮和崔隨二人，史書沒有太多的記載，隻是在《世說新語》上，有一個關於滿奮畏風的有趣故事，不妨插敘一下，調節一下氣氛：說的是滿奮這個人，雖然長得很健壯，但是卻很怕冷，一次，在司馬炎身邊侍坐，北窗是玻璃窗，看似好像透風，但是其實很嚴實，滿奮看到這樣，就麵露難色，司馬炎笑話他，滿奮回答：“臣好比是吳地的牛（因為怕熱），看見月亮（誤以為是太陽）就發喘起來。”（臣猶吳牛，見月而喘）《世說新語，言語篇》）
司馬倫還假裝謙讓，堅決不予接受。
於是，全體朝臣、諸王一起到司馬倫的府上，假稱天上有符瑞，天命所歸，經過百般勸說，司馬倫這才勉強同意。
然後，左衛將軍王輿與前將軍司馬雅（曾經給使東宮，最先起意要殺賈南風的那位）一起率領甲士進入皇宮大殿，號令護衛皇宮的三部司馬，宣布禪讓事宜，曉諭禍福賞罰，三部司馬沒一個敢表示異議的。（此處《晉書司馬倫傳》記載頗為詳細，但是，卻說滿奮等人把皇帝玉璽給了司馬倫以後，司馬威才進宮逼奪玉璽的，前後矛盾。似乎應為司馬威奪了玉璽以後，才有奉玉璽給司馬倫，這樣才合情合理。）
天還沒亮，全體朝臣以及內廷宦官一起準備皇帝的法駕去迎接新皇帝司馬倫進宮。
而老皇帝司馬衷乘坐皇帝專用的雲母車，帶領皇帝的儀仗隊幾百人，（鹵簿，漢應劭《漢官儀》解釋：“天子出車駕次第謂之鹵，兵衛以甲盾居外為前導，皆謂之簿，故曰鹵簿。”）從華林西門出居金墉城。給司馬衷送行的有：尚書和鬱，侍中、散騎常侍、琅琊王司馬睿，中書侍郎陸機，這三個人把司馬衷隨別到金墉城外就返回了。讓張衡帶兵守衛司馬衷，其實形同幽禁。
司馬倫帶著5000甲士護衛，從皇宮的正門端門進入皇宮，登上太極殿，在太極殿上代表政府的尚書令滿奮、尚書仆射崔隨、樂廣等把玉璽正式交給了司馬倫，於是，司馬倫正式登上了皇帝寶座，大赦天下，並改元建始。稱老皇帝司馬衷為太上皇，改金墉城為永昌宮。
司馬倫下令：
301年全國所有需要參加考試考核的賢良方正、直言、秀才、孝廉、良將都可以免試；
太學的學生隻要16歲以上或者沒畢業但是學了20年的，都可以當公務員；
郡縣的官長隻要在大赦之日在職的，全部封侯；
郡的綱紀都評為孝廉，縣的綱紀都評為廉吏。（《資治通鑒·晉明帝太寧二年》胡三省注：“綱紀，綜理府事者也。”）
接著，司馬倫迫不及待地封自己的世子司馬荂為太子，司馬馥為侍中、大司農、領護軍、京兆王，司馬虔為侍中、大將軍領軍、廣平王，司馬詡為侍中、撫軍將軍、霸城王，孫秀為侍中、中書監、驃騎將軍、儀同三司，張林等諸黨都封為重臣大將。從上述對於諸子的安排來看，司馬倫對於司馬允利用中護軍的身份發動叛亂，印象十分深刻，所以，他讓次子司馬馥領中護軍，以三子司馬虔領中領軍，以小兒子司馬詡為撫軍將軍，完全控製禁衛軍權和京師衛戍部隊軍權。
為了討好下屬，司馬倫大肆封賞，除了上述封賞以外，對於趙王府的親隨，下至奴仆，都越級提拔，封侯的封侯，加侍中的加侍中，以至於每次開會的時候，佩戴侍中標誌“貂蟬”的人到處都是。由於製作官印的金銀都拿去用於封賞，使得沒有金銀去製作官印，隻好用木板寫上什麼什麼侯爺或者什麼什麼官爵的。
當時的人們傳言說：“貂不足，狗尾續。”連老百姓也感覺太荒唐，這個政權不會長久了。
有立就有廢。
當初用來給自己的行動塗上正義色彩的皇太孫司馬藏，如今已經失去了應有的價值，在封自己的兒子為太子的同時，理所應當地把皇太孫司馬藏廢為濮陽王。過了9天，又把這個不懂事的小孩殘忍地殺死——為的是斷絕人們複辟的希望。
雖然表麵上司馬倫的登基是全體朝臣的一致推舉，但是，此時，位居東南的齊王司馬冏、北麵的成都王司馬穎、西麵的河間王司馬顒卻各自心懷叵測，虎視眈眈。而司馬倫的內部也不是鐵板一塊：
作為中書監的孫秀自然是第一功臣，依孫秀和司馬倫長年的私人關係，孫秀更是被司馬倫敬重。司馬倫把孫秀安置在哥哥司馬昭曾經居住的府邸，事無大小，全部谘詢孫秀以後才去施行。孫秀本來就和張林關係不好，司馬倫登基以後，張林被提拔為衛將軍，但是，人苦不知足，這張林還是埋怨沒有“開府”——就是自己可以設置府署並自選僚屬。於是，張林給太子司馬荂寫信，說：“孫秀專權，所作所為不合眾心，並且，被封賞的功臣都是些小人，擾亂朝廷，可以全部誅殺。”
司馬倫的太子司馬荂（以後聞名遐邇的忠臣、詩人劉琨的姐夫）本來就淺薄無知，把張林的書信交給了老爸司馬倫，司馬倫和孫秀是什麼樣的感情？而司馬倫又是何等智商的人物？
司馬倫也像他兒子一樣把張林的信送到了孫秀的手上。孫秀三言兩語就說服了司馬倫除掉張林。
大到一國，中到一個集團，小到一家，如果要被外麵攻破，往往首先要內訌、內潰。司馬氏家族上演的一出出鬧劇無不說明了這一點。
司馬倫選擇了一個日子，請宗室大臣都到華林園遊玩，在會上招孫秀、王輿、張林覲見，當著所有人的麵，把張林拉下，斬首。
處理了內部的張林，孫秀還擔心外麵的諸侯王們，他選派司馬倫和自己的親信或者司馬倫過去的老部下去做諸侯王尤其是上麵所說的三個王的幕僚，或者做三個王所在州郡的長官，用來牽製三王。
而這一本屬預防性的措施，恰恰刺激了三王的神經，也加快了司馬倫自己滅亡的步伐。
司馬倫內部的矛盾除此之外，司馬倫的幾個兒子之間也不團結，並且，太子司馬荂對孫秀一直看不慣，司馬荂的內兄劉輿、劉琨兄弟中的劉琨曾經是賈謐的二十四友，二人因為得罪王愷而險些被王愷暗害，是石崇挺身而出救了哥倆，以此，劉輿兄弟對石崇愛戴之至。但是，孫秀把兩人的大恩人誅殺，這叫劉輿兄弟耿耿於懷，加上孫秀本縣城小吏，依靠獻媚登上大位，這也叫劉輿兄弟不齒，孫秀剛剛輔政的時候，把哥倆的官職全給罷免了。但是，你罷免你的，我認命我的，太子司馬荂一向對這兩個內兄敬重有加，硬是把劉輿任命為散騎常侍，把劉琨任命為從事中郎。