光烈三年的新春，由於奉天殿被焚的緣故，元旦大朝改在謹身殿進行，光複江南，興克舊都，以及短暫和平的到來，都讓這個新年格外喜慶，但原本心潮澎湃的江南士子們，卻陷入了某種複雜情緒當中。
朱由榔並未隱瞞什麼，隨著時間推移，有關天子以及年後朝堂巨大變動的不少傳言開始散播。
十二月除夕，內閣輔臣陳子壯外出回府的車駕被數十名士子攔住，為首一名舉人，當場叩首，以血書詢問。
“聞天子欲以軍將替內閣，顛倒文武之製，敢問學士可有此疏？”
陳子壯倒是也不慌亂，數千人圍觀之下，冷靜回應
“是與不是，與爾等何幹？此軍國重事，當以天樞裁奪！”
雖讓兵丁驅散人群，維護秩序。
次日年初大朝，有士子數百，於承天門外叩闕
“陛下堯舜之姿，焉能做如此荒唐事，必是瞿、陳、呂、堵、薑，五奸臣弄權耳！蠻夷剛滅，又有權奸當道，我等士大夫，自當倒賊以還朗朗乾坤！”
自古以來，學生都是最容易煽動的，尤其是關乎他們切身利益的情況下，數百人浩浩蕩蕩，堵在承天門前。
可宮內大朝卻依舊沒有耽擱，無論是天子還是大臣，就像沒看見他們一樣。
這一刻，一種無力感爬上了所有人心頭，他們更加深刻地發現，他們對這個橫空出世，從肇慶一路打過來的朝廷，竟然如此陌生。
大朝會之上，隨著戰事基本結束，各地督撫大臣、軍中將帥，大部分彙集京師，他們可不僅僅是來過年的，自東征以來，凡立功、捐軀者數不勝計，也該到論功行賞的時候了。
謹身殿高台之上，中書舍人謝穎扯開金色繡龍帛書，麵對下方站立著的數百文武大臣，漲紅了臉，朗聲一一念去。
已故光複中軍副將塔天寶，力挽狂瀾、身捐王事，追封綏國公，諡武肅。
已故總兵餘龍，追封潮郡公，諡忠簡，已故總兵馬進忠，追封榆郡公，諡武靖。
此三將，爵位可由子嗣承襲一代不減等，由天子內帑出資，於軍山湖畔立祠堂供奉。
再往下，陣亡犧牲的其他副將、參將等軍職追封，不多贅述。
雖然殘酷，可不得不說，縱使朱由榔萬般重視，但大家更為期待的，還是剩下活著的封賞。
朱由榔坐在丹陛之上的皇位中，正襟危坐，麵色肅然，在琉冕之下，看不清表情。
謝穎清了清嗓子，接著念道
“光複中軍都督、陳郡公李過，沉斷英謀、忠勇無雙，克立殊勳，加封寧國公。”
高一功加封鄂國公，鄭成功加封威國公，趙印選加封信郡公，劉文秀、艾能奇、焦璉、胡一青、王興、郝搖旗等諸將共十九人，全部封侯。
再往下，其餘功勞沒這麼突出的總兵、副將一級還封了二十三個伯爵，再往下就都是散階了，沒必要在這裏宣告。
不過還有一個名字未曾念及，謝穎看到帛書最後，竟是頓了頓，才繼續道
“光複左軍都督、齊郡公李定國，先以克複雲南，由興討閩浙，有救駕之勳，陣戰多鐸、生擒博洛，功在諸將之冠。”
“加封武威郡王！”
此言一出，下麵部分臣工議論紛紛，有明一朝，從無異姓王之說，即使是功高如徐達、常遇春，也是死後追封。
如果這個旨意，是在嘉靖、萬曆、天啟之時，甚至於之前的皇帝在位時，恐怕還沒等對方念完，就已經有人衝上去“觸柱血諫”了。
但現在，僅僅是稍稍喧嚷之後，便回歸平靜。
因為那裏坐著的，不是哪個太後、文官、太監們擁立出來的繼任之君，而是真正如同朱元璋、朱棣一樣，“削平天下、混一宇內”的中興之主！
大朝會結束後，所有人卻並未解散，已經六十四歲，年邁體衰的閣臣呂大器再次上疏乞骸骨，朱由榔挽留再三，最後同意，加封其為太子太傅，賜銀五千、帛百匹，三公車馬、儀仗，命刻立牌坊，禦前兵馬護持，禮送還鄉。
對於明眼人而言，這是意料之內的事情，呂大器在諸臣當中，年紀最大，身體也素來不佳，年前就多次上疏請辭了。
問題在於，誰來接替他的位子。
從之前風波之中，所有人對於天子心中所想都有所揣測，但事到臨頭之前，也不敢妄下論斷。
但很快，謝穎手中的下一封聖旨揭開了答案
升武威郡王李定國，為光複軍大都督府同知，劉文秀接任左軍都督。
大都督府同知，相當於“全國武裝部隊副總司令”，是僅次於光複軍大都督的職位，由於大都督為朱由榔親領，也就是說，李定國將成為明軍實際上的總指揮官。
原本平息下來的議論之聲，又開始響起，殿中侍禦史連忙出前高聲維持秩序。
倒是四位閣臣，以及剛剛請命致仕的呂大器都沒什麼驚訝動作，大概早就知道了。
可聖旨還沒念完。
升光複中軍都督李過為樞密使，中軍都督由趙印選接任，焦璉升任都督同知，同時李明忠升任前軍都督同知。
樞密使李過，入內閣參政。
殿下頓時寂然，樞密使？這不是宋朝的職位嗎？
當然，其實明朝也有過樞密使，準確來說，是朱元璋還是吳王的時候，那時還沒有五軍都督府，樞密院就作為最高軍事機關存在。
很快，下方就有大臣出列，朗聲詢問
“陛下，我朝中已有光複軍都督府統率軍事，當年太祖皇帝廢樞密院，就是因為五軍都督府已代替其職，敢問陛下，這樞密使豈非重疊？”
朱由榔聞言看向謝穎，這種大朝會裏麵，皇帝一般不用親口說話。
謝穎望著聖旨接著道
“設樞密院，有樞密使一人，位同尚書，副使兩人，位同侍郎，都承旨一人，承旨若幹，均以武官充任，主理軍中人事調動、編製、訓練、兵械、條例諸務。”
大臣們一下子明白過來，那名官員也回到位置上，這個樞密院的權責和大都督府並無衝突，但所有人卻又把目光看向另一個方向。
兵部。
是的，仔細想想就知道，這個新成立的樞密院手中權力，和兵部基本重合，直接占了兵部事務的一半。
明代自土木堡以後，勳貴集團影響力喪盡，五軍都督府基本上就是虛職。
要知道，平常所說的軍權，其實分為兩個部分，一個叫統兵權、一個叫調兵權。
明朝中後期，文官掌控朝政後，調兵權基本為外派的督撫們掌控，而統兵權，包括兵械、將領官職調動、征兵等等工作，事實上都收於兵部之手，而文官通過控製兵部，來控製軍權。
可轉移目光的百官們這才發現問題所在，之前的兵部尚書，不就是呂大器兼任嗎？
也就是說，此時兵部群龍無首，連個帶頭反抗的人都沒有......
但問題還是沒有完全解決，都督府是沒事了，那兵部呢？如此一來，兵部還管個啥？
謝穎接著道
“征兵、將卒遣散安置、民兵訓練、城防建設、軍餉、軍資審計依舊由兵部負責。”
不少文官這才鬆了一口氣。
這就是朱由榔想出來的對策，一方麵要把軍權徹底從文官的影響中拔出來，同時還要讓軍方進入決策機關，能一方麵又要盡可能的限製監督軍權。
既然不能以文馭武，那何妨以武製武。
朱由榔事實上就是在效仿近代軍隊的指揮架構，把軍權分為三個部分。
兵部雖然權力大減，隻能做些打雜的活，但手中依舊有三個關鍵權利，其一，征兵權，這是為了削弱軍中的地方主義和宗族主義，軍官能指揮部隊，但不能挑選控製兵源。
其二，退役安置，如此，軍人的退役待遇不再由直屬的將領安置，而是由朝廷統一安置，既能防範某些人喝兵血，也能讓軍人明白自己的待遇是誰給的。
其三，軍餉、軍資審計，這項權柄最大，所謂審計不是說由兵部發餉，發餉工作肯定還是樞密院和都督府負責，而是查賬！每年軍費預算花在哪？花了多少？樞密院和各地都督府都得給兵部一個說法。
相當於後世的國防部。
而樞密院的建立，毫無疑問，就是奔著總參謀部去的，很多人誤解參謀部，以為就是個幕僚機構，出出主意罷了，其實不然。
總參謀部總管軍隊的編製、人員調動、日常訓練等等幾乎所有非戰時的軍隊事務，是一支軍隊的“大管家”，也就是所謂的“統兵權”。
至於剩下的都督府，事實上就是具體指揮戰爭的司令部了。
如此，達到兵部（國防部，軍事政務與審計機關）、樞密院（總參謀部，軍事建設與領導機關）、大都督府和各軍都督府（總司令部和戰區司令部，軍事指揮機關），三權分立，三個機構除了兵部會有部分文官參與，其餘全部由軍官構成。