3天過去了，比爾和凱文還是沒有辦法聯係上簡，他們想告訴他本尊簡的真正死因還有他們所說的真像，但一直沒有辦法，這一天天的脫下去實在是沒有效果，反而會讓簡更加極端，要是在過那麼一天的話，凱文決定親自去把簡殺掉，這是最終的辦法了。為了在自身的安全，比爾也不得不好好工作，就算跟長得跟自己一模一樣的昆一起工作，他隻當困死了，因為他堅信眼前的這個人不是昆，他也會努力證明這樣點的。然，他和凱文已經沒辦法了，他們決定要開始戰爭了，這3天就有十幾次被原人類突襲，雖然都防禦下了，如果在這樣他們遲早會喪生於此的。比爾，因為在原人類的網絡中心工作過，他知道了原人類的攻擊手段，也是他成功防禦下這十幾次的襲擊的，也就在這3天裏，艾森似乎看到希望了，而他下一步就是攻擊原人類，但比爾死活就是不願意去攻擊，但凱文其同意了。
艾森最不信任的凱文現在卻主動說要研發導彈，艾森也實在沒有辦法，隻能讓他來，盡管艾森很聰明，但是馬丁和他的想法很接近，他們的攻擊方式和防禦方式都很相近，在他們暗鬥的2年裏一直沒有成果。現在，原人類有天才科學家簡的克隆進化體喬和簡，而克隆人有智能機械人凱文和另一位低調的天才科學家比爾，戰爭隨時可能打響的。
這3天，簡已經改變了不少了，他現在更冷酷無情了，他的野心也在恩皮的同化下慢慢浮現了，他不再研究動物了，原人類的研究所裏的多了一個隔離室，隔離室裏隻有簡一個人在工作，他研究生化武器，目前他隻拿過動物做實驗，他研製出一種叫“RQ分離菌”，這種菌在單單的氧氣中隻能生存1分鍾左右，但是它的擴擴散範圍很大，一旦人們吸入肺部，它在二氧化碳的環境下就會急速複製，並分解體內的氨基酸，從中分離出碳離子，然後碳離子在與動物吸入的氧氣結合，在生成二氧化碳，也就是人們吸入的氧氣到肺部就變成二氧化碳，從而導致生物窒息死亡。雖然這種“RQ分離菌”沒有一些會傳播的病菌恐怖，但是它還是很危險的，而會傳播疾病的病菌簡也不想研製，他不想讓世界因為他而滅絕，實際上他能研製出這種病菌，但是那樣他也會很危險。
除了簡知道眼前的喬是恩皮·布蘭之外，其他人都以為他是喬，這3天他聯通了簡，其實簡之所以聯通不了，是因為他不相信任何人，在思想上也封閉了，讓人聯係不了，從這一點看，可以判斷恩皮比喬聰明，也在斷時間裏，喬在也沒有出現過。恩皮已經設定好了一切了，隻要簡能放棄瓊斯，他就告訴簡關於太平洋的秘密，其實，恩皮也幹涉不了簡去愛一個人，但是，簡愛上瓊斯就是一個錯誤，至少在恩皮眼中是這樣，關於他對瓊斯的眼神裏似乎好藏匿這一個秘密。這也是他抓了瓊斯的原因，雖然說是聯通上了簡，但是簡卻看不透恩皮的一些事，關於太平洋和瓊斯的事，簡是一無所知，簡到現在還一直認為瓊斯是走了。
馬丁找上恩皮，“喬，我覺得你應該放我女兒出來了。”
“馬丁，據我所知，你女兒隻認為你還是在騙她，你就不怕她搗亂我們的計劃嗎？”
馬丁也沒辦法，他隻能來要求喬放出他的女兒，這才能證明他是愛他女兒的，“隻要你能放她出來，其他都不重要。”
這是，簡進來喬的房間了，“放了誰？”簡聽到了馬丁最後一句話。
“沒，馬丁，我覺得你應該去看看我的攻擊係統。”恩皮是在隻開馬丁，他不想讓簡知道瓊斯的事，一旦簡知道了，事情就會變得更麻煩了。
馬丁好像很知趣的離開了，但他知道了簡還是喬的一個威脅，就憑他對喬剛才話語的推測。現在他和簡還是想敵對的，因為瓊斯的事，簡還是都瓊斯的父親懷著仇恨，但是馬丁覺得解釋的機會來了，推翻喬的時機也到了，他打好算盤就離開了。
簡和喬談論了大約一刻鍾，寧怡進來了，他二話沒說，直接就一拳揍向喬，“不得了了啊，我在這當領導的時候你還在玩泥巴呢，現在你倒敢命令我做事，我讓你看看這裏誰是老大。馬丁和你關係好，他忍氣吞聲就算了，我可不是他，你也不瞧瞧你的德性，區區一個科學家還敢與我做對。”也就在2天前的會議上，關於晉升簡的事，喬給寧怡難堪，喬羞辱他，因為他不同意簡晉升S級別的科學家，說是研究所從來就沒有讓克隆人馬上從C級跳到S級的事例，他解決不同意，而馬丁在他女兒出來之前都會應承喬的任何事，所以也沒有反對喬的決定，喬就對寧怡說：“現在3位上級就來了兩位，馬丁同意，你又不同意，這也隻是一對一，所以現在我們所有科學人員有機會參與這次投票，所以，我同意。”喬的同意也讓很多人紛紛同意簡的晉升，但這並不是那些人的原意，他們大多是讓恩皮侵入思想的。而在剛才，喬要求寧怡把克隆人研究所的最新情況向他彙報一下，寧怡的牛脾氣也忍不下這口氣，直接進來就是一拳。
恩皮臉上頓時紅腫起來，他吐掉一口血，然後笑笑說：“寧怡，我對自己的做法感到很抱歉，所以以後我覺不會命令你做什麼了。”
寧怡把喬扯到自己麵前，“你這口氣有是什麼意思？”寧怡覺得一拳還是緩解不了自己的心情，而簡抓住了寧怡的手，“我覺得你應該鬆開，不然我不保證我會做出什麼來的。”
寧怡把喬推開，“怎麼了啊，你以為我那你這個克隆體沒辦法是嗎？”寧怡似乎一點也不怕簡，因為簡的加入，寧怡也設置了保護係統，也就是對他的保護，一旦有人要攻擊他，防禦係統就會立即對想攻擊他的事物進行攻擊，就算簡再強，也不可能對始料未及的事做出抵禦的。
恩皮還是笑了笑說：“簡，不要太急，這樣對誰都不好，我剛才的意思是說，不會命令你，也就是你在沒有機會讓我命令了。”恩皮的意思就是要寧怡死掉。
寧怡也察覺到恩皮話裏的意思了，“有本事你就試試能對我做出什麼來。”
“哦，真的嗎？那你看看我桌上那個是什麼？”
寧怡看到桌子上麵去，桌子上什麼都沒有，但他還是集中精神的去觀察，生怕喬對他做出什麼不利的事。也就他集中注意力的時候，他卻倒下了。恩皮不慌不忙的打電話給急救中心:“寧怡在我的辦公室休克了，你們還是來看看好了。”簡把這一切看在眼裏，他看著寧怡倒下，而恩皮什麼都沒做，隻是打了救護中心的電話，而且還很肯定的說寧怡休克了，簡在疑問中處處都是不可思議。