小修一行人離開野生原野區後，往陽光鎮的方向前行，途徑經過一個隻能讓單車通過的大橋，並且一行人還遇到了一個喬伊小姐，因為人手不夠被委托送藥，於是大家騎上小霞給他們購買的自行車出發，在路上，遇到了一群單車飆車族，被要求對戰，但小智他們現在的實力豈是原著中的那樣，無論是什麼神奇寶貝，都是一招秒殺，毫無懸念，然後火箭隊再次登場，不過小修他們覺得他們就是來揭穿他們自己的黑曆史的，正當他們想把他們打飛的時候，君莎小姐在此時出現，幫她們解決了一項麻煩，然後君莎小姐沒離開多久，就突然來了一場暴風雨，大家不得不冒著大雨出發，才怪！有波導之力在還會淋雨？而且雖然距離很遠，但對於小修而言隻是要稍微累一點用超能之力就行了，之前騎單車隻是想體驗一下騎單車的感覺，現在下雨了，就得趕時間了。很快，在小修的超能之力的幫助下。眾人抵達陽光鎮的神奇寶貝中心，把藥及時送給那隻生病的神奇寶貝，然後眾人便離開了；之後眾人在趕路的時候突然又下起了一場大雨，雖然有小智和小修的波導之力不會淋濕，但長久下去不是辦法，於是眾人最終躲到了一座有些陰森的小屋裏，然後伊美蒂就讓她的百變怪不斷地變化以此嚇唬小智他們，但被嚇到的也就隻有塞蕾娜他們，小智他們完全沒被嚇到，小修還指出這是一隻模仿不當的百變怪，然後小智一行人試圖幫助那隻百變怪，讓它可以模仿成功，但全部失敗，就在這時，火箭隊突然把百變怪搶走，但在找到百變怪他們的時候，眾人還演了一場火箭對模仿秀，被火箭對他們狠狠吐槽了一遍，不過伊美蒂看到在火箭隊的幫助下，她的百變怪終於可以完美模仿了，非常高興，就在這時，小修趁機把百變怪和伊美蒂傳送到他們的身邊，然後皮卡丘和小蜻把他們再次打飛；之後一行人來到了一座森林，就在這時，一隻野生的皮卡丘突然在注意著他們，於是皮卡丘和秋秋決定前往森林內部一探究竟，結果發現這裏竟然全是皮卡丘和皮丘！雖然原著裏隻有皮卡丘，但如果沒有皮丘的話哪來的皮卡丘？一開始這裏的皮卡丘和皮丘都有些害怕皮卡丘和秋秋，但很快它們就接受了，皮卡丘和秋秋很快就與它們打成一片，而且在小黃的常磐之力的影響下，這些皮卡丘很快適應了人類，在晚上，火箭隊突然抓住了這些皮卡丘和皮丘，但才剛抓住不久，就被皮卡丘和秋秋打飛，然後塞蕾娜收服了一隻皮丘，一行人就這樣離開；小修等人在旅途中遇到了一隻伊布，看它周圍又備有水與食物的盤子，而且還被人用繩子綁在樹幹上，怎麼看都像是被拋棄的，可它脖子上綁的金屬牌卻又讓大家困惑不已，於是眾人決定前往金屬牌上的地址，來到了史頓鎮的一座豪宅，裏麵正在舉辦神奇寶貝遊園會，眾人也在裏麵找到了伊布的訓練家太一，得知太一的苦惱後，小修向眾人介紹伊布的其它種類的進化型，並且還畫了其他進化型的圖，就在這時，火箭隊又跑出來搗亂，吃起了食物，很快就被小修他們又一次打飛，最終在小修的解說下，太一決定讓伊布自己選擇，伊布決定進化成草精靈，於是小修向他們說明上哪可以讓伊布進化成草精靈，然後一行人又踏上旅途；之後一行人來到了一座城鎮，想吃點東西，但這裏突然鬧旱災，沒有食物來源，於是眾人到上遊一看，發現是被一大群荊棘給堵住了河道，導致上遊的水無法往下流，眾人用盡辦法，都無法根除，於是決定叫醒那隻沉睡的卡比獸，最終在神秘老爺爺的幫助下，卡比獸被叫醒，吃光了荊棘，於是眾人繼續趕路。
最終，一行人來到了黑暗市。
“說起來很久以前我就想知道了，為什麼會有座城市叫黑暗市？”小黃說。
“是啊，我也想知道。”小智說。
“我也是。”塞蕾娜跟著說。
“等到了你們就知道了。”小修說。
抵達黑暗市後，明白這裏為何叫黑暗市了，烏雲蓋頂的天空，歪歪斜斜的大門，一眼看去，哪像城鎮？說是戰爭後殘留的廢墟還差不多。
“這城市是怎麼回事？該不會是鬧鬼吧？”小霞有些害怕的說。
“真的！這裏看起來這麼陰森，不會真的有鬼吧？”塞蕾娜也害怕得發抖的說。
“不是啦，這裏沒有鬧鬼，隻是有些破敗罷了。”小修有超能之力，在幽靈係上的感知比小智要敏銳得多，聽到他說這話，兩女也就放心了。說到這大家一定會很好奇為什麼小黃不怕鬼？因為在小黃眼裏所謂的鬼隻是一群幽靈係神奇寶貝的惡作劇，根本沒啥好怕的。
“也就是說，這些建築都是人為破壞的。”看到周遭破破爛爛的建築，小剛不禁沉思。
“小心！”2
小智和小修突然齊齊喊道，小修左手一抬，便開啟了一個綠色的防護罩，擋下了幾個乒乓球大小的小石子。
“喂！你們為什麼要攻擊我們！”小智生氣地朝一處屋頂喊道，然後一群小孩走了出來，看來剛才丟石頭的人就是他們。
“因為你們是神奇寶貝訓練家！”“隻要是神奇寶貝訓練家，就是壞人！”“沒錯！訓練家什麼的最討厭了！”這三個小孩雖然小修的手段嚇了一跳，但很快他們對訓練家的不滿就占了上風，立即大叫道。
“啊嘞！”小智完全沒想到會是這樣的回應，這也難怪，以精靈掌門人為目標的他，再加上一路旅行過來的所見所聞讓小智認為成為一名優秀的神奇寶貝訓練家是一件光榮的事同時也是大多數小孩的夢想，第一次聽到有小孩討厭訓練家，讓他不知該如何回答。
“真的很抱歉！”就在這時，一個有些急切的聲音傳來，是一名中年男性，估計是這三個小孩的家長。
“我對這些孩子的行為向你們道歉！請你們千萬不要傷害他們！”男子非常焦急，生怕下一秒小智他們就動手打人。
“呃”這下小智更加不明所以了。
“叔叔，請問一下，你們為什麼會覺得我們會打你們呢？我們又不是壞人。”小修突然想起這段劇情，小心滴問道。
“咦？難道你們不是卡茲道館或亞斯道館請來的打手嗎？”男子驚訝地問。
“打手？”6人不約而同地瞪大的眼睛，很有默契地說。“皮卡？”（打手？）
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“納尼！為了爭奪聯盟承認的道館資格而大打出手！”小智了解完事情始末後，驚訝地說。
“可是為了成為正式的城市道館而將戰鬥波及到居民，這與道館館主保護城市居民的責任相違背了！”小剛氣憤的說。作為聯盟正式承認的道館訓練家，小剛無法認同這種行為，這一點小霞和他一樣。
“但是聯盟規定一座城市隻是有一座道館，當出現兩個聯盟後補的時候，用戰鬥解決也確實是聯盟認可的方法之一，隻是黑暗市的情況過頭了。你們還記得娜姿吧？娜姿也遇到過這種情況，但和娜姿不同，娜姿在屬性和實力上是完全秒殺對方，所以很快就敲定，而從黑暗市的情況來看，這兩個道館候補人選實力相當，所以才一直無法穩定下來，以致周遭居民一起遭殃。”小修解釋說。
“就算如此！也不能殃及居民！”小黃氣憤地說：“讓大家害怕的道館訓練家根本不配當道館訓練家！”
“說得對！”塞蕾娜附和道。
“說得真好呢，小黃。”小智讚賞道。
“就光憑這點，小黃你可以去申請成為聯盟的正式道館。”小霞說。
被大家這麼一誇，小黃有些害羞地說：“那個那個，我還不夠格呢，畢竟我還這麼弱，還這麼小。”
“小了點又如何？你實力都足夠了不是嗎？”小剛說。
“我”小黃剛想說什麼，突然
“轟隆”一聲炸響。
“小的們！上啊！把他們打得連媽媽都認不得！”
“讓卡茲道館的人見識我們的厲害！上啊！”
大家被突然傳來的巨大聲嚇到，紛紛到窗邊觀望，看看街上發生了什麼事。
隻見一群藍色係製服和綠色係製服的訓練家在街上大打出手，神奇寶貝的招數給對方造成傷害的同時，還破壞到了周遭居民的建築。
“啊！是卡茲道館和亞斯道館的人！”男子說。
“果然是他們！”小修說。
“這已經不是神奇寶貝對決了！打群架還差不多！”塞蕾娜說。
“不能再讓他們胡作非為了！皮卡丘！我們上！”雖然對方人多勢眾，但小智毫不畏懼，立即招呼他的王牌，可等了半天皮卡丘也沒任何反應。
（這小子不怕了吧？）這般想著，小智不禁有些恨鐵不成鋼地轉過頭一看，結果直接撲街。
原來皮卡丘正舔著一瓶番茄沙司，臉上的表情猶如登上極樂樂園。
“別吃啦！趕緊跟我出去戰鬥！”
“算了，對付他們還用不上王牌，正好試試那兩個孩子的實力。”小修說。
“你是說”
如眾人猜想，卡茲和雅思兩人的飛天螳螂和電擊獸實力可謂難分仲伯，今天也一如往常般打得難解難分。
“可惡！飛天螳螂！用劍舞提升攻擊！然後使用十字剪！”
“電擊獸！讓卡茲道館的家夥見識你的強大！最大功率雷電拳！”
“嗷！”“嘎！”飛天螳螂和電擊獸也殺紅了眼，紛紛拿出最強的招數，大有你死我活的架勢。
“大嘴娃！用鐵頭槌攻擊飛天螳螂！”“戰車！用合金爪！”
“找死！”2卡茲和亞當沒想到會有人想阻止他們的戰鬥，雖然他們使用的這兩隻神奇寶貝他們都沒見過，但這並不妨礙他們要教訓小智他們的想法。
“飛天螳螂！先對付它們！再來和亞斯的電擊獸一決高下！”“電擊獸！先把礙事的家夥除掉！”
原本飛天螳螂和電擊獸用來對付對方的招式現在轉頭對向大嘴娃和戰車，雖然將大嘴娃和戰車打退，但它們也不好受。
“早點結束這無聊的紛爭吧，小智！用我們新學會的那招！”
“好咧！”
隻見小修和小智同時伸手，不過小修伸的是右手，小智是左手，“以賜予之名！吾賜予大嘴娃/戰車再度進化的能力！超越進化！大嘴娃/戰車！進化！”2
小修和小智伸出的手掌突然發出了彩色的光芒，並且光芒還分成好幾道進入了大嘴娃和戰車，然後大嘴娃和戰車的樣子開始改變，光芒散去，大嘴娃和波士可多拉登場。
“這，這是什麼！”2卡茲和亞斯被這兩隻神奇寶貝的突然進化給嚇了一跳，但他們很快就調整好心態，“飛天螳螂！使用旋風刀！”“電擊獸！使用打雷！”
“大嘴娃！使用妖精之風！”“戰車！光柵加農炮！”
這兩隻神奇寶貝的實力確實不錯，但在大嘴娃和戰車麵前，還是弱了點，瞬間秒殺。
在擊敗卡茲和亞斯後，一個蒙麵怪人，其實是聯盟派來的道館評定員喬伊正式登場，經過一番說教，一切也終於落下帷幕。