草之國！
大蛇丸在與鳴人一戰後，身體開始出現排斥反應，讓他的身體一天比一天虛弱。
最終，他吞噬宇智波佐助不成，反被宇智波佐助反噬，得到了他的所有力量和知識。
宇智波佐助隨即組建了蛇組，但成員隻有他和重吾！
接著，時穀與冬十郎兩人生擒了四尾人柱力，並成功進行了剝離任務。
兩人組合發揮出來的實力也讓曉組織其餘人對兩人刮目相看，不再懷疑兩人的實力了。
在此期間，迪達拉遭遇宇智波佐助，並與迪達拉展開了一場鬥智鬥勇的生死戰鬥。
最終，迪達拉自爆死亡，宇智波佐助通過萬蛇逃的一命，但卻因為重傷而昏迷。
隨即，在修養了五天之後，重吾找到曉組織的基地，宇智波佐助也加入了曉組織，並繼承了迪達拉的名號，分配到前往雲雷峽捕捉八尾的任務。
同時，自來也成功探查到曉組織的基地位於雨忍村，不顧綱手的反對踏上了死亡之旅。
鳴人也在自來也的允許之下，正式開始了仙人模式的修煉。
最終，在付出三死三傷的代價之下，漩渦長門親手殺死了自己的恩師自來也。
而自來也，在臨死前通過最後的通靈之術將自己得到的情報全部傳回了木葉。
聽聞自來也的死訊之後，綱手陷入了悲傷之中，從此，三忍就隻剩下綱手一個人了！
她和自來也兩人，明明都對對方有意思，卻就是不敢說出口，誰也沒有率先捅破那層紙。保持著高於朋友，低於情侶的關係。
兩人都怕，都怕表白心跡之後連朋友都沒得做，碰麵就是尷尬氣氛。
但綱手不會想到，那日黃昏下一別，竟成了永遠。
徒念君之名！這大概就是綱手內心最真實的寫照！
但鳴人依然一無所知，因為不能打擾他修煉。
最終，卡卡西的幫助之下，木葉眾人成功破譯自來也傳回來的信息。
緊接著，五尾人柱力，七尾人柱力也被抓捕，並被第一時間進行了尾獸剝離。
眨眼間，便就還剩下最強的兩頭尾獸未曾被抓捕回去了。
而震驚忍界的佩恩事件，也再一次在木葉上演了。
宇智波佐助，隨同重吾一起踏上了抓捕八尾的旅程。
夜沒有阻止曉組織的動作，因為他沒辦法去阻止。
如果他參與進去的話，絕對會被列為頭號危險人物。到時候，舉世皆敵，他沒有完全的把握能夠護的了霧隱村。
況且，這一切也是必然發生的，就算曉組織沒有抓捕九頭尾獸並複活十尾，也依然會有其他組織在黑絕的蠱惑之下去做這件事情。
夜知道，縱然他怎麼強大，劇情的流勢是他沒法忤逆的。夜的到來改變了許多事情，但大勢依然沒有發生任何變化，還是按照原著在發展。
這一天，夜不得不離開霧隱村而外出！
造成這一切的原因，是因為各個村子突然消失了許多人才，但唯獨木葉沒有發生這樣的事情。
因此，雲，岩兩村懷疑這是木葉所為，開始在火之國邊境陳兵，找木葉討個說法。隱隱有爆發第四次忍界大戰的趨勢。