\\\\t經過了幾個月的療養，小隆終於恢複健康了。這個時候，瞬來到了小隆的家裏。小隆得知瞬一直以協調訓練師的身份暗中幫助小智，並且到現在為止小智已經安全的離開了芳緣地區，瞬馬上要回去接管冠軍的位置了，所以接下來的神奧地區的大冒險，就要有小隆在暗中保護了。
\\\\t這時，通過GS球，小隆收到了鳳王傳來的訊息，迪亞魯家和帕魯奇亞的對戰導致空間的不穩定，如今空間即將破裂，阿拉莫斯鎮將會遭到戰鬥的波及，達克萊伊已經去想辦法阻止了，所以現在就等著小隆出場了。
\\\\t代表時間之神的迪亞魯家和代表空間之神的帕魯奇亞在一起對戰將會帶來什麼危害呢？這是小隆最想得知的事情。於是小隆乘上噴火龍飛向了神奧地區的阿拉莫斯鎮。
\\\\t小隆乘坐噴火龍快到阿拉莫斯鎮的時候看到前方有熱氣球，於是小隆便讓噴火龍小心的跟隨，並未讓別人發現。
\\\\t小隆看到了坐在熱氣球上麵的就是小智等人，還有一位叫愛麗絲的女孩，得知愛麗絲正帶著小智等人前往時空之塔。
\\\\t小隆決定先去時空之塔打聽情況。正當小隆順利進行的時候突然聽到了一首曲子，那是愛麗絲用草笛吹奏的，那首曲子是那樣的振奮人心。眾人都陶醉在音律當中的時候，超能鬥士出現了。
超能鬥士帶領小智等人來到了一個院子。而超能鬥士的主人也出現了，他告訴大家噩夢神出現在了這個地區。
傳說噩夢神是讓人們一旦入睡就會無限做惡夢的邪惡神奇寶貝，但是研究時空的托尼歐博士卻認為噩夢神在此地出現是有原因的。而這時GS球當中的雪拉比突然出現在了小隆麵前，示意小隆有異常情況。
而此時小智的皮卡丘也發現了異常。就在這時，噩夢神達克萊伊出現了。
頭一次看到真實噩夢神的小隆也著實嚇了一跳。噩夢神使用了黑洞擊中了小智。躲在暗處的小隆說道：“在做惡夢嗎？”
看到倒下去的小智，還不斷表現出異常的表情，大家都知道小智受到惡夢神的影響在做惡夢。眾人將小智帶到了神奇寶貝中心。最後是皮卡丘用十萬伏特叫醒了小智。
這時托尼歐博士發現了存在異常的能量，所以決定去調查。但是這時事情的真相恐怕隻有小隆知道，噩夢神是來拯救這個鎮子的，他是來阻止迪亞魯家和帕魯奇亞的戰鬥的。
小隆望了望時空之塔，因為自己是來自另一世界的，所以對這個世界近期發生的事情全都一清二楚。他知道時空之塔將會崩塌，但是他不知道阻止時空裂縫的方法。因為這個世界有兩種發生衝突的傳說。
如果沒有時之齒輪的話是沒有辦法解除危機的，鳳王的聲音透過GS球傳了過來，鳳王告訴小隆，讓他到時空之塔最頂層。得到鳳王指示的小隆來到了時空之塔頂端，發現了那裏有5枚時之齒輪。
這時小智等人也在向塔頂前進，而小隆現在還不能和小智見麵，所以小隆通過窗戶從塔外側離開了。
小智等人也來到了塔頂，因為小隆早已離開，所以小智並沒有發現什麼異常。愛麗絲操作時空之塔音盤放出了美妙的音樂。此時在鎮子上的小隆也看到了鎮上的人都很開心的跳起舞蹈。
然而就在這時時空突然被撕裂，在異空間當中戰鬥的迪亞魯家和帕魯奇亞的影響也瞬間出現在了阿拉莫斯鎮，可是也是轉瞬即逝。
“可惡啊，還是出現了嗎？”小隆暗罵一聲。
這時噩夢神也出現了，受到噩夢神的影響幾乎所有的神奇寶貝都開始做了噩夢。而在寶貝球以外的神奇寶貝沒有受到攻擊隻有皮卡丘，圓企鵝躲開了噩夢的洗禮。
小智的皮卡丘對噩夢神發動了攻擊，但是噩夢神似乎不打算讓皮卡丘進入噩夢狀態。這是當然的了，因為鳳王派噩夢神來幫忙解決問題的時候特意提醒道不要對小智下手。
小智等人集中在神奇寶貝中心的時候，小隆找到了噩夢神。
“噩夢神，看起來要阻止這場災難，光靠咱倆是不夠的。”小隆說道。
“沒錯，現在你我所擁有的隻是5枚時之齒輪，另一半的隻能交給小智了。”而此時阿拉莫斯鎮已經被包圍在了時空裂縫之中。
小智等人在托尼歐博士的解釋下似乎明白了，這一切不是噩夢神所做的，大家都知道了噩夢神是在保護這個鎮子。而此時噩夢神離開了小隆，出現在想要征討他的人類麵前。
另一方麵，托尼歐在時空之塔研究出來了災難的起源。
而討伐噩夢神的神奇寶貝已經把能量集中到一起了，但是卻全都被噩夢神所打倒。此時的小隆也在尋找時空裂縫的位置，因為他知道目前所能夠做的就是幫助小智找出裂縫。
當小隆再次踏上了時空之塔塔頂的時候感受到了裂縫的波動。他通過GS球將訊息通知了噩夢神。而小智等人也看到趕來的噩夢神。小隆觀察到小智已經發現噩夢神是在保護鎮子，於是通知噩夢神收回惡夢的影響。
但是整個鎮子已經被異次元空間包圍。帕魯奇亞和迪亞魯家也出現在了阿拉莫斯鎮。此時的噩夢神和迪亞魯家，帕魯奇亞發展成為了混戰。麵對三個神獸級別的神奇寶貝，眾人都感覺到很無力。而因為迪亞魯家和帕魯奇亞的影響，世界上多數地區受到空間裂縫的影響，反轉世界出現了。時空之塔也開始出現了崩塌的跡象。
而全力奮戰的噩夢神卻為了鎮壓能源波動而失去了生命能力，暗處的小隆看到這個情況不免心中一驚：“達克萊伊！！！”隨後小隆突然想起來，噩夢神是屬於黑暗係的神奇寶貝，也許黃金盔甲邪惡的力量不會對他產生影響。
隨後在眾人目光集中與小智這邊的時候，小隆將黃金盔甲的力量傳到給了噩夢神。噩夢神接收到黃金盔甲力量的時候生命力又再度恢複。看到噩夢神恢複了，小隆也繼續在時空之塔上方尋找時之齒輪的凹槽。
托尼歐在戈迪的日記中了解了一切事情的真相，隻要拿到奧拉西翁就能夠化解危機，而小智等人拿到奧拉西翁放回他原本的位置的時候。小隆也在時空之塔正上方發現了可以鑲嵌5枚時之齒輪的位置，於是小隆也將5枚時之齒輪安置回原來的位置。
當一切工作完成的時候，迪亞魯家和帕魯奇亞也明白了這裏不是戰鬥的地方，於是迪亞魯家和帕魯奇亞也回到了屬於自己的地方，時間和空間。這時小隆隻希望原本兩個世界的生命不要再次碰撞，同樣的慘劇小隆也不希望見到第二次。
但是小隆知道現在不是感歎的時候，接下來還有反轉世界。就這樣小隆來到了反轉世界，而告別小智的噩夢神回到了鳳王身邊。