塞蕾娜用超克之力呼叫阿爾宙斯，過了許久，阿爾宙斯才回了一句話：（別吵了！馬上就要贏了！隻要這把能摸到！我就糊了！）
（小修，剛剛阿尓宙斯說他摸到什麼就可以糊了，你知道那是什麼意思嗎？）
小修把頭轉向別處，塞蕾娜立馬明白一定又是他幹了什麼好事？
不過這個時候怪他也無濟於事，還是想想怎麼把他們救出來比較好。
（別想了，在確實見到光明石和黑暗石之前，所有的推測都沒用。）小修說。
（那我們現在就去大地之劍那裏吧！）小智說。
（想得美，就算要補全曆史，也不能直接去那裏，我們必須一步一個腳印到那裏去。）
（哦）
“白露，我想我們可能有辦法幫你救回你的朋友。”小修說。
“真的嗎？”白露驚喜的問。
“隻是可能，幾率不大，不過值得嚐試。”
“那我們快點去找他們吧！”
“不行。”
白露立馬情緒低落起來，小修解釋說：“畢竟你知道他們在哪？就算你知道位置，你知道趕往哪裏要花多長時間嗎？”
“我知道他們在哪！就在艾茵多奧克！”
小修打開地圖查看，說：“飛雲市的道館挑戰完成後，我們的目標就是雷文市，正好順路，就是要幹幾天路了，你沒問題吧？”
“沒問題沒問題！總之請你們多多指教了！”白露不停鞠躬，結果用力過猛，讓自己滑倒，小修及時接住她，卻不知因此給白露留下巨大的好印象，讓白露無意間喜歡上他。
之後一行人分別挑戰蘆薈，均拿下勝利，獲得挑戰徽章，當然白露也是。之後白露加入團隊中，和他們一起旅行，路上，小智收白露為徒弟，教她戰鬥的技巧，因為白露的戰鬥風格和小智很像，小智的戰鬥技巧比小修更合適，在小智的訓練下，白露的實力開始突飛猛進的增長。
在旅途中，之前幫助幼兒園老師由梨時得到的寶可夢的蛋出現變化！大家對它一邊不斷搖晃又一邊發光的樣子興味盎然。尤其是牙牙，大概是很高興增加新同伴，特別熱心地一直觀察。就在閃爍速度變快，看來終於要孵化的時候，開心得手舞足蹈的牙牙竟然撞到了蛋！而蛋就以飛快的速度滾下斜坡！小修用超能力接住，然後但裏麵的寶可夢孵化出來，是一隻滑滑小子，因為是小智一手孵化的，所以它是小智的寶可夢，因為是剛出生，就算是小智也無法很好指揮它，但是它和艾莉絲的牙牙打了一場十分盡興的對戰之後，和牙牙成為了非常要好的朋友和勁敵。一行人繼續踏上旅程，前往下一間道館所在地飛雲市的小智一行人，在矢車森林遇到一隻蟲寶包。這隻蟲寶包的個性收服好強不認輸，非常符合小智的胃口，小智讓滑滑小子出戰，結果讓對方逃走，小智為了收服它，衝到森林深處，白露也跟了上去，畢竟對白露來說小智是自己的老師，她覺得跟著小智應該能學到什麼，然後她華麗麗的在森林裏迷路了。
因為擔心白露，小修和塞蕾娜一直全力打開能力，果然對方迷路了，無奈他們隻能去找白露，然後正好撞見白露和亞堤在一起，當然，最開始小修並沒有認出亞堤，隻是覺得他有點眼熟，經白露介紹才知道他就是飛雲道館館主亞堤。
正好，小智也收服了那隻蟲寶包回來，他一點都不擔心白露的安全，因為他知道小修他們一直在盯著，一旦白露有什麼危險絕對第一個出現，即便如此，小智還是在收服到蟲寶包後立馬飛奔到他們身邊，看他額頭的汗水就可以知道了。
一行人告別亞堤，繼續旅行，在路上，遇到了一名寶可夢酒侍在在那裏品評訓練家與寶可夢適性，小智正想去湊個熱鬧，然後被一個自稱“很棒的酒侍女士”的女孩子叫走。她的名字叫赤霞珠。小智讓她看自己最自豪的寶可夢。可是下一個瞬間，眯起眼睛對著寶可夢圖鑒開口的赤霞珠，卻對它們大肆批評，小修看不下去了，幹脆自己做起評定，結果吸引了那個寶可夢酒侍的注意，他的名字是賈斯帕，是一名級寶可夢酒侍，他說小修的評定完全正確，而且比他剛剛看到小智的寶可夢後在心中評定的結果還要更加準確！讓赤霞珠驚訝不已。
赤霞珠急忙問小修是幾級的寶可夢酒侍，結果小修說他並不是寶可夢酒侍，赤霞珠立馬說他那就是外行的胡說八道，還說要挑戰小修，小智他們不由在心裏默哀，挑戰小修？這是她這輩子能夠做得最愚蠢的決定了。
小修隻用巨蟹宮就打敗了對方兩隻寶可夢，給赤霞珠巨大的打擊，不過很快，他就留下一大堆資料給赤霞珠，說如果赤霞珠真心想要成為優秀的寶可夢酒侍，那麼就好好記下這些資料，並且學會靈活應用。
一行人在森林某處空地給滑滑小子和牙牙特訓，這兩隻目前是團隊中最弱的寶可夢，而且滑滑小子和牙牙也希望能夠盡快變強。另一邊，黑眼鱷和蟲寶包也在進行對戰訓練，兩隻寶可夢一隻好勝一隻調皮，正好湊在一塊訓練，在訓練過程中，一隻鴨寶寶亂入，搶走了黑眼鱷的墨鏡，黑眼鱷立馬慌張起來，小智幫助黑眼鱷去討回墨鏡，遇到了三隻鴨寶寶，這三隻鴨寶寶看起來很喜歡惡作劇，小智便讓水水獺黑眼鱷和豆豆鴿和它們對戰，在對戰過程中，豆豆鴿和黑眼鱷分別進化成咕咕鴿和混混鱷，水水獺則是學會了水流噴射，最終打敗了它們，奪回了墨鏡，其中小修和塞蕾娜分別收服一隻，白露也在小智的指引下也收服一隻，說是要教育它們。小修給自己的鴨寶寶取名白水灣，塞蕾娜的則是藍灰灰。
一行人抵達通往飛雲市的天箭橋，但橋上突然起霧，是某隻寶可夢用超能力幹的好事，小修正想驅散，結果一隻哥德小姐突然出現，說不準他們過橋！必須乘坐水上巴士過對岸！讓小修感到很奇怪，能走橋幹嘛要做什麼水上巴士？哥德小姐可不管他們的想法，直接帶他們陷入它的回憶，這才明白為什麼，不過在小修看來哥德小姐的想法簡直愚不可及，無論是誰，都無法活在過去，這是你無論在怎麼穿越時空也無法改變的事，就算你讓別人陷入回憶之中又如何？終究，那隻是回憶。
小修毫不留情的打破哥德小姐的回憶，正當哥德小姐要暴走的時候，一名女性突然出現，是哥德小姐回憶中的莎麗，如今的莎麗從哥德小姐的回憶中成長為一名散發成熟魅力的女性，她告訴哥德小姐不要停留在過去的回憶，希望能和它一起創造新的未來，哥德小姐哭了，和莎麗緊緊擁抱在一起，然後她們一起離開了。之後一行人來到了飛雲市。
“咦？下水道是不是有什麼奇怪的聲音？”剛來到飛雲市，白露就聽到了下水道有什麼奇怪的動靜。
“嗯，下去看看吧。”小修已經知道下水道的動靜是怎麼回事了，但故意裝作不知情，畢竟他也有辦法解決。
來到下水管道，小修他們看到一隻百足蜈蚣卡在水管中，小修忍不住笑了出來，小智頂了他一下，然後去把它拉出來，結果被對方撞了一下，中毒了，不過小智並沒有在意這一點，而是安慰它，艾莉絲和白露趕緊拿出解毒劑想要給小智解毒，本來小智想說不用，他有自己的排毒手段，不過一想到自己不能隨便暴露身份，就幹脆接受對方的好意。
小修給百足蜈蚣橘果讓它恢複體力，塞蕾娜問：“你為什麼對我們有這麼大的敵意？而且你們這麼百足蜈蚣在這裏做什麼？”
（我們收到了驚嚇，我們失去了我們的領地，我們失去了家園，首領讓我們遷移到這裏。）百足蜈蚣說。
“納尼！”小修中斷了治療，雖然早就知道，但一聽說還是覺得可怕。
就在這時，一大批百足蜈蚣突然出現，看起來是真的想要入侵人類的城市。
“不妙了！快回到地麵上去！”
大家趕緊撤離地下水道，那隻百足蜈蚣想要跟著小智，但是看到它的族人，它還是選擇回到族人身邊。
回到地麵，就看到一大批百足蜈蚣在地麵上，給人們造成巨大的恐慌，很多訓練家開始攻擊百足蜈蚣，小修讓他們停手：“全部停手！你們這麼做根本沒用！隻會造成更大的災難！”
“它們已經造成災難了！”修帝出現在這裏說。
“我都沒注意到你也在。”小智說。
“現在不是說這個的時候！這些百足蜈蚣必須被趕走！”
“趕走？你說的倒輕巧！又不是你失去了家園！這些百足蜈蚣失去了家園！被我們人類趕了出來的！所以他們才會跑到這座城市裏的！”小修說。
“就算如此！它們也不能入侵這座城市！”
“它們在害怕！非常害怕！所以不要再傷害它們了！”塞蕾娜說。
“那你倒是說說！該怎麼讓它們離開這座城市？”
“我們無法把它們趕出城市。”亞堤這時出現說：“我們可以讓它們集中在中央廣場裏，那裏有足夠的空間暫時收留它們，然後我們在慢慢尋找它們失去家園的原因！”
“那麼該怎麼做？這些百足蜈蚣並不會勸不聽從你的命令。”修帝問。
“很簡單，找到它們的首領就可以了。”亞堤來到飛雲街的十字路口，看到了一隻體型大過其他百足蜈蚣的百足蜈蚣，就知道它肯定是首領，亞堤正要勸服首領的時候，修帝突然攻擊首領，修帝說：“沒有必要跟它們廢話！直接把首領收服了！所有的百足蜈蚣都會聽話的！”
小智上去就是一拳，說：“還以為過去那麼久！你總算有所成長！結果看來，你和以前沒什麼兩樣！”
百足蜈蚣首領生氣了，使出毒針撞向修帝，小智替修帝擋住，再次中毒。
“小天！”“小天老師！”
“我沒事我沒事！”小智自己拿出解毒劑服用，說：“沒關係，我一點都不疼的，真的。”
“小天，你沒問題吧？”小修問。
“當然了。”
這時，那隻受到小智他們幫助的百足蜈蚣幫忙勸服首領，最終首領決定幫助他們，亞堤拿出蟲笛，演奏曲子，讓百足蜈蚣們跟隨首領的步伐來到中央公園，雖然中途出現幾個漏單的，但是很快在小修他們和其他人的幫助下，總算全都集中在中央廣場了。
“咦？你怎麼沒有和大家一起進去呢？”小智看向他們幫助的那隻百足蜈蚣問。
（如果你們想要幫助我們奪回家園，那麼我就不打算停留在這裏，我要親手奪回家園。）百足蜈蚣說。
（那麼我也來。）百足蜈蚣首領說。
“首領！你也要來參加！你確定？”小修問。
（我是首領，我必須親自奪回我們的家園，這就是首領該做的事。）
“但是沒有你在，你的族人會感到不安。”塞蕾娜說。
“沒關係，我可以讓我的車輪球暫時代替首領這個位置。”亞堤說。
“那就拜托你了，白露，你留在這裏，和亞堤先生一起看管百足蜈蚣們，可以嗎？”小智問。
“這個好吧。”白露也知道自己笨，幫不上忙，就幹脆留下來幫別人的忙。
“薩德，接下來會發生什麼呢？該怎麼解決呢？”小修罕見的感到不安，因為接下來發生的事，是原著中並未播出的劇集的故事，而且還是經過現在時空混亂改變的故事。