鏡頭再次轉向現在，七隻神獸拚盡全力，終於將阿爾宙斯的分身打倒，但小修和阿爾宙斯的本體的戰鬥還沒結束。
小修現在用的是皮卡丘的形態，手持一把野太刀和一把短刀，和阿爾宙斯近身對戰，不停尋找機會攻擊，但是阿爾宙斯總是能躲開攻擊，當然阿爾宙斯也沒有打中小修，兩人已經僵持很久了，小修已經開始喘氣，但阿爾宙斯連汗都沒流一滴。
“你已經輸了，我的體力遠比你想想的還要更多，如果你覺得你可以跟我比消耗，那麼你大錯特錯。”阿爾宙斯說。
“哈哈哈你說的沒錯，早這麼繼續消耗下去，輸的人必定是我，但是你憑什麼覺得我會光明正大的和你對戰呢？”話音剛落，神獸們同時發動攻擊，確保阿爾宙斯無法抵擋。
阿爾宙斯迅速收回它的石板，使出保護接下所有的攻擊，說：“看來你們是逼我宰了你們呢。”
“阿爾宙斯！”希娜這時候突然跑過來，並帶來一根手杖，說：“非常對不起！阿爾宙斯！他們其實是為了拖延時間才和您對戰的！我以前一直以為生命寶珠在我們祖先的手上！但我們錯了！那是贗品！為了找到真正的生命寶珠！防止您毀滅人類！為我們尋找真正的生命寶珠爭取時間！現在我們終於找到了！你看！”希娜打開手杖上的機關，真正的生命寶珠橫空出世，阿爾宙斯緩緩走向希娜，拿走生命寶珠，生命寶珠變成五塊石板回到它的身體裏，希娜很高興，她以為這樣阿爾宙斯的憤怒就能得到平息，但很快她明白她太天真了。
“人類，你的眼神，和那個達摩斯一模一樣，我曾經，因為信任這個眼神，將我的力量借給那個人，但是他背叛了我的信任，現在，時隔五千年，再次看到這雙眼神，反而讓我覺得作惡！”阿爾宙斯突然變回原樣，使出製裁光礫，攻擊希娜和克賓，小修及時救下他們，問：“阿爾宙斯！快停手！你還想毀滅人類嗎！”
（人類不過是說一套做一套的惡心生物！他們必須被毀滅！）
（不行了，阿爾宙斯早已被怒火填滿了內心，現在的它，還拿回所有的力量，已經，無法阻止了。）鳳王心灰意冷的說。沒有拿回完整力量的阿爾宙斯就已經夠它們受的了，現在阿爾宙斯的力量完整了，他們絕無勝算。
“不好意思！我們回來了！”小智和塞蕾娜終於回來了，他們剛回來，就解除合體形態，小智大喊：“阿爾宙斯！停手吧！過去已經改變了！你好好回想起來我們在過去做的事吧！”
阿爾宙斯聽到小智的聲音，真的停了下來，頓時腦海中出現分身和改變過去得到的記憶
鏡頭再次轉回過去，小智他們得知事情的真相，小智決定跑去跟阿爾宙斯說明一切，塞蕾娜負責把真正的生命寶珠找回來，讓達摩斯親自還給阿爾宙斯。
月食開始，阿爾宙斯如約出現，小智立馬用波導跟它對話：（阿爾宙斯！聽得見我的聲音嗎？）
（超大聲的，安靜一點。）阿爾宙斯說。
（我知道事情的真相了！達摩斯沒有背叛你！曆史未改變之前！你見到的達摩斯是被催眠的！真正的幕後凶手是一個叫奇辛的家夥！）
（是真的嗎？那個人沒有背叛我！）這是阿爾宙斯聽到的最令它高興的消息了，因為太過高興，它連踏入對方的陷阱都不知道。
上方突然出現大量的寶可夢，它們使出十萬伏特攻擊阿爾宙斯，阿爾宙斯一時沒反應過來，中招了。
“阿爾宙斯！”小智抬頭看向奇辛，問：“你想殺了阿爾宙斯嗎？”
“沒錯！隻有這樣！這片土地才能不會再度變得荒蕪！放銀之水！”奇辛下達指令說。
小智不知道銀之水是什麼東西，但他可以肯定絕對不是什麼好東西。
大量的銀之水澆灌在阿爾宙斯身上，阿爾宙斯感覺自己就像被沉重的金屬砸中，墜落在地上，正當它想飛起來的時候，銀之水突然瞬間凝固，使它無法掙脫，寶可夢繼續攻擊，讓阿爾宙斯非常痛苦。
（等我！阿爾宙斯！我去幫你把生命寶珠搶回來！）小智說。
（啊拜托了！未來的孩子！啊）
小智飛到奇辛麵前，正好塞蕾娜他們也趕到這裏，小智說：“馬上交出生命寶珠！快點！”
“你不會希望我們使用暴力手段的。”塞蕾娜說。
“生命寶珠是這片土地未來的保障！我絕不會交給你們！席多藍恩！噴射火焰！青銅鍾！精神強念！”
麵對他們的攻擊，小智一招龍爪瞬間搞定，同時把寶可夢身上的盔甲卸掉，還它們自由。
塞蕾娜使出神速，從奇辛手裏奪走生命寶珠，同時用超克之力變出繩索將他捆在柱子上。
塞蕾娜將生命寶珠交給達摩斯，說：“接下來，是你履行你的約定的時候了。”
“謝謝！”達摩斯使出超克之力，希望寶可夢能停止攻擊阿爾宙斯，寶可夢們聽從達摩斯的話，紛紛停下攻擊，小智和塞蕾娜幫它們卸掉盔甲，同時達摩斯趕緊往下爬，要將生命寶珠還給阿爾宙斯。
銀之水一直澆灌在阿爾宙斯身上，阿爾宙斯開始越來越虛弱，但是它能看到，它信任的那個人，正在向它敢來，前來履行他們之間的約定。
（我果然沒有看錯人，達摩斯，謝謝你，哪怕你沒有及時趕到，我也不會有半句怨言的。）
“別給我這麼快放棄！”小智和塞雷娜大喊道。他們抓住達摩斯的雙臂，將達摩斯安全帶到阿爾宙斯麵前，達摩斯奉上生命寶珠，說：“對不起，讓你受這麼多的苦，阿爾宙斯，你的力量，該還給你了。”
生命寶珠變回五塊石板，回到阿爾宙斯的身體裏，阿爾宙斯立馬恢複力量，掙脫銀之水，帶他們來到神殿外麵，說：（謝謝你們了，達摩斯，未來來的孩子，說起來，你們兩個還沒自我介紹呢。）
小誌他們解除合體做起自我介紹：“我是真新鎮的小智，呃現在介紹自己的家鄉會不會太早了？”
“我叫塞蕾娜。”
（小智，塞蕾娜，我記住你們了，以後我會報答你們的。）
“那個就不用了，真的！”小智說。
（對了，你們也該回到你們的時代了，快走吧，時空旅行所帶來的變化可以很快，也可以很慢，趕緊回去，希望來得及。）阿爾宙斯為他們打開時間通道，送小智他們回到未來，到這，回憶結束。
阿爾宙斯看向小修他們，說：（謝謝你們阻止我，不然我真的會把人類給毀滅的。）
“不用謝，這是我們應該做的，倒是小修，和阿爾宙斯的對戰如何？”小智問。
“讓我更加明白自己的弱小，當然，我也沒有真的用全力。”
（你用全力在我看來都一樣，好了我該走了，這麼一折騰，我都快累死了，回去好好睡個覺。）
“這次不會還要睡個五千年吧？”塞蕾娜問。
（不需要，睡個幾天就夠了，好了，再見啊）阿爾宙斯正打算離開的時候，突然從究極之洞出現，一把抱住阿爾宙斯，釋放大量的墮賜予之力，強行和它合體。
“哈哈哈哈！阿爾宙斯！你知道我等這一刻等了多久了嗎！你真的以為我是在冒險融合能量和能量嗎？你錯了！從以前開始！我的目標就是你！為了等到你虛弱！我等了不知多少年！現在終於讓我等到了！變成我的一部分吧！阿爾宙斯！”（啊）
阿爾宙斯身上分出它人形的部分，剩下的部分和合體，變成了一個看起來就像穿著盔甲的女騎士，說：“接下來就是那項計劃的實施了，我奉勸你們去選擇和家人在一起吧，因為就憑現在的你們，已經無力阻止我了。”
“開什麼玩笑！把阿爾宙斯還回來！”小智和皮卡丘合體，衝上去攻擊，但是小智發現他的攻擊無效。
“我說了，現在的你們已經無力阻止我了。”一個彈指將小智打回去，說：“這是我對你們的最後的仁慈了，滾吧。”說完離開了，隻留下一行人無限的後悔。
“可惡！阿爾宙斯，對不起，因為我們，你”“沒事，小智，的確奪走我大部分的力量，但是那並不代表你們沒有打贏她的勝算。”
“這是什麼意思？”小修不解地問。
“意思就是還有希望。我記得你們有一群什麼怪物訓練家的同伴，對吧？能把他們召集在一起嗎？在奪走我的力量的時候，無意間讓我得知她所有的計劃，但我需要足夠多優秀的人才在這裏幫助我。”
“我明白了！我這就”小修正想把大家都帶過來，小藍已經將所有人都帶過來，還順便捎上艾莉絲和光一花子他們。
“艾莉絲！好久不見！”“老爸！老媽！你們也過來了！”
“當然了，這次真的可以說是大危機呢，而且需要神獸們的力量，不是嗎？”艾莉絲問。
“這次事態緊急，所以我們過來幫忙了。”光一說。
“說真的，你現在這個樣子也不錯呢，阿爾宙斯。”花子調侃說。
“現在可不是調侃我的時候，聽好了各位，的計劃是創造新的世界。”
“新的世界？”
“慢著！莫非和以前的赤日那樣！通過帕魯奇亞和帝牙盧卡毀滅舊世界，創造新世界？”帕爾問。
“真要是那樣還簡單了，她要創造屬於自己的一切，成為萬物的主宰，就像我那樣。為了這個目的，首先，她需要創世之力，一般情況下，她必須通過融合還有其它六大能力才能得到，失敗的幾率很大，但現在，她奪走我的力量，直接用我的創世之力來創造屬於她的世界，也因此，接下來，她要做的就是創造屬於自己的神獸，神獸的作用是用來支撐新世界，保護新世界的框架順利建立，為此，她必須去一個地方。”
“那個地方莫非是神都遺跡！”小修說。
“你怎麼知道的？”阿爾宙斯有些驚訝，那個地方幾乎不會有人類知道的，竟然真的有人知道那個地方。
“如果是那個地方，那就大事不妙了！快帶我們去！”
“我現在這個姿態也無法帶你們過去。”
“那麼請讓我們讀取你的記憶吧。”小藍說。
“想的美，你們負責使用瞬間移動，我來負責目標地點，這種幹涉手段我還是做得到的。”
“是嗎？那麼，試試看吧小藍！”
“嗯！”
一行人就這樣前往神都遺跡，不過事情並未就這樣結束了，鏡頭再次轉向五千年前