經過一個月的趕路和訓練，三人終於來到米季納，不過小修是被小智背到米季納的，這一個月，他在忙著監督每個寶可夢的訓練，單獨訓練你的寶可夢交給小智和塞蕾娜負責，訓練方案他也早就準備好了，這種訓練方案很簡單，就是對戰，但不是一般的對戰，是混戰，在混戰中找到自己針對的對手，然後打敗它，但是本身又會被其他寶可夢針對，所以要趕在其他寶可夢打敗自己之前打敗自己的目標，到最後，完成標準的竟然隻有皮卡丘小蜻和翠蝶，其他寶可夢都失敗了。
另一邊，這一個月的訓練中脫穎而出的有菊草葉火岩鼠藍舞娃娃幻羽大比鳥百花利歐路閃光貓頭夜鷹銀月小小閃光拉普拉斯閃光袋龍泳圈鼬鐮刀小菊化石翼龍臭臭泥粉護士巨鉗蟹赫拉特羅斯。銀月和小小雖然不能分開，但是它們的雙打對戰非常完美，訓練過程中也是完美完成，看來隻要未來它們克服不能分開的缺點，它們絕對會變的很強。
因為要同時監督那麼多的寶可夢的訓練過程，小修的精神裏消耗的差不多了，雖然還沒精神力透支。
“我說，你睡夠了吧？你又不是精神力透支，不用睡那麼久吧？”小智問。
“嗯再讓我睡一會”小修說。
“我們已經到米季納了，該醒來了。”
“嗯？終於到了？”小修睜開眼睛，看了看周圍的景色，說：“和我想象中的不太一樣，或者說和我記憶的不太一樣，好在的是那邊的遺跡告訴我這裏就是米季納。”
小修看向鎮子中心的米季納遺跡，確認裏麵有兩個人，其中一個擁有和塞蕾娜一樣的超克之力，就更加確信了。
“咦？這裏有人擁有著和我一樣的超克之力，說起來我記得夢幻曾說過讓我到米季納看看，原來是這麼回事。”塞蕾娜說。
“走，去看看吧。”
來到一個湖泊，正好感應到帝牙盧卡和帕魯奇亞的波導，帝牙盧卡率先出現，看到小修他們說：（好久不……）帝牙盧卡話還沒說完，騎拉帝納就從小修的球跑出來，大喊：（該算算我們之間的賬了！帝牙！）
（我靠！為什麼你會在這裏！）
（帝牙！我來救你！）帕魯奇亞趕緊跑出來說。
（你們兩個都在正好！省的我去找了！全都去死吧！）
“給我住手！”塞蕾娜身上突然散發出一種威懾的氣場，將時空三神定在那。
“騎拉帝納，你難道沒聽到夢幻對小修說的那些嗎？讓帝牙盧卡和帕魯奇亞產生誤會的源頭是阿爾宙斯！一切的錯都是它的錯！你怎麼還要找它們算賬？”塞蕾娜問。
（但是我的空間就是因為它們的原因才會出現那麼多的毒霧！你敢說這不是它們的錯！）騎拉帝納說。它就是氣不過，這兩個家夥擅自打起來，然後又擅自結束，它們打爽了，它就慘了，必須得修複反轉世界，它辛辛苦苦的維持，這兩個混蛋輕而易舉的破壞掉，它已經氣到真的想宰了它們了。
“冷靜一點，小智，塞蕾娜，你們兩個將它們收服吧，省得以後它再瞎嚷嚷。”小修說。
（人類，你當我們是啞巴嗎？我們不過不吭聲，你就擅作主張決定我們今後的生活，啥意思？）帝牙盧卡問。
（看來必須得教訓一下這個囂張的人類了。）帕魯奇亞說。
（哦？是嗎？那麼試著過我們這關吧。）鳳王它們從球出來，擋在小修麵前說。
（要打嗎？誰怕誰！）
神獸大戰一觸即發，這是一名少女突然跑過來大喊：“不要打！大家都快住手！”
大家的目光紛紛轉向那個少女，小修認出來了，她就是劇場版《阿爾宙斯超克的時空》的關鍵人物之一，希娜，也就是那個擁有超克之力的人。
“允吾超克此時空之理！”希娜使出超克之力，希望可以撫平這些神獸的怒火，但她卻無意間進入另一個人的心靈。
（這是……你擁有和我一樣的能力！你是我的族人嗎？）希娜問。
（不是，我不是你的族人，我叫塞蕾娜，我的超克之力是阿爾宙斯賦予我的。）
（納尼！這怎麼可能！）
（我知道一時間很難以置信，但我說的是事實，另外，我體內不止超克之力，你應該能感應到。）
（真的！太神奇了！你是怎麼做到的？）
（說來話長，先離開這個心靈世界吧。）
兩人意識回到現實，希娜激動地握住塞蕾娜的手，說：“我的名字是希娜！我像個你學習超克之力的用法！可以嗎？”
“我叫塞蕾娜，我可以教你我會的超克之力的用法，當然，你也得教我你會的。”
“我隻會一招心靈感應，而且隻要寶可夢的怒火太過強大，那麼我就無法撫平。”
“這個我也一樣，沒事，努力練習就可以了。”
希娜帶他們來到米季納遺跡內部，認識了她的男朋友克賓，克賓和她一起守護米季納遺跡，同時用時空儀監督空間的變化，並且向他們解釋五千年發生的讓阿爾宙斯感到憤怒的事。
“原來如此，也就是說，是因為你的祖先達摩斯違背約定，不肯將生命寶珠，也就是阿爾宙斯用地麵水草雷電龍五中屬性做成的那個珠子，導致現在阿爾宙斯想要毀滅世界，和我們知道的基本一樣。”小修說。
“你們從哪知道的？”克賓問。
“夢幻告訴我們的。”小智說。
“傳說中的寶可夢夢幻？原來如此。”希娜說。
希娜走到一個台子上，將生命寶珠拿下來說：“你們看，這就是生命寶珠，接下來阿爾宙斯將會出現，隻要將這個還給它，阿爾宙斯的怒火就會得到平息。”
“不好意思，希娜小姐，你沒感應到嗎？這枚珠子上麵幾乎沒有任何能量。”塞蕾娜說。
“沒有任何能量？這話的意思莫非……”
“很遺憾，這是個贗品，看來我們注定要遭到阿爾宙斯的怒火了。”小修說。
“這不可能！如果這是假的！那麼真的又在哪？”
很快，時空儀發生了變化，而這個變化意味著……
“不好！阿爾宙斯出現了！怎麼辦？我們沒有真的生命寶珠可以撫平它的怒火！這該怎麼辦？”希娜已經開始不知所措了。
“希娜小姐，這裏有我們頂住，你和克賓先生趕緊去找生命寶珠！它一定還在這個遺跡裏！”小修說。
“真的嗎？”
“這個時候隻有賭一賭了！總之阿爾宙斯那邊！我們會想辦法打敗它的！”小智說。
五人開始分頭行動，神獸們早已在外麵等候多時了，鳳王說：（夢幻說了，阿爾宙斯現在無法免疫地麵水草雷電龍這五種屬性，也是我們唯一有可能打敗的機會，大家有信心嗎？）
（沒信心也得有信心，唉真的沒想到，我們竟然還有和阿爾宙斯大戰的時候。）洛奇亞說。
（這要是贏了，那麼你覺得後世人類會怎麼歌頌我們呢？）固拉多問。
（可不是所有的人類都會讚美我們，別忘了，人類當中也是有著邪惡之輩。）蓋歐卡說。
（但是並不代表我們可以將人類滅絕。）帕魯奇亞說。
（沒錯，人類當中也是有著好人的，如果因為人類一時犯下的過錯，就要將所有的人類消滅，這是不對的。）帝牙盧卡說。
（我和幾個人類成為了好朋友，其中一個人類是壞人，但是他後來變成了好人，他的轉變，讓我明白人類懂得知錯能改，或許不是全部，但是這足以說明人類還沒壞到必須毀滅。）騎拉帝納說。
“所以人類的未來必須得有我們來守護了，我們就是第一道防線！”小修說。
這個時候，阿爾宙斯打開通道，出現在他們麵前，看它那冷漠的紅色眼鏡，就知道它絕對不記得他們了，小修說：“阿爾宙斯，我知道你要消化分身的記憶還要點時間，但我相信你一定還記得我們！”
（人類，我不記得你們，讓開，我要讓人類品嚐他們自己的惡果！）
“不好意思，如果你執意要這麼做，那麼我們就要阻止你！”小智說。
（反抗我嗎？好哇！讓我看看，區區人類！能夠做到什麼程度！）
阿爾宙斯身上出現一塊石板，從顏色上來看，應該是惡係，阿爾宙斯使出製裁光礫惡係攻擊他們，小修使用防護罩抵擋，但是他的防護罩根本擋不住阿爾宙斯的攻擊，鳳王它們使用保護將他們保護起來。
（鳳王洛奇亞固拉多蓋歐卡帕魯奇亞帝牙盧卡騎拉帝納，你們是打算站在人類這邊，為他們而戰嗎？）阿爾宙斯問。
固拉多和蓋歐卡進入原始回歸狀態，七隻神獸異口同聲的說：（那還用說！）
（另外還有兩隻神獸，知道自己實力弱小，沒有出來，明智之舉。）阿爾宙斯說。
“不，你誤會了，阿爾宙斯，它們不適合對付你，所以它們有別的事情要做。”小智說。
塞蕾娜放出拉帝亞斯和拉帝歐斯，小智和塞雷娜與他們合體，阿爾宙斯說：（賜予之力！你們竟然有這股力量！看來必須消滅你們了。）
“小修，我們要出發了，帝牙盧卡，麻煩了，送我們回到過去！”小智說。
（你們想改變曆史嗎？）帝牙盧卡問。
“沒事，這種事我們很早以前就做過了。”小修和帝牙盧卡合體，變成了一個看起來就像一個穿著古代盔甲的騎士，小修說：“我負責在這裏保護這個時空的安全，改變過去，拯救未來的工作就交給你們了。”
“放心吧！不過一定要合體嗎？”塞蕾娜問。
“這次要回到的可是五千年前，誰知道會遭遇什麼？而且合體的話，就能盡量不暴露自己的真實身份，當然，對阿爾宙斯來說沒差，但是對過去的人就不一樣了，明白了嗎？”
（我說，當著我的麵說要改變過去，你們人類還真不是一般的狂妄呢。）阿爾宙斯非常生氣，這幾個人類是在小看它嗎！
“我們可沒有小看你，阿爾宙斯，不然我們就不會合體了。”小修打開時空隧道，說：“還不快進去！”
小智和塞蕾娜鑽進隧道，阿爾宙斯欲上前阻止，但被帕魯奇亞攔下，帕魯奇亞說：（其實我們很早以前就像挑戰你了，不開玩笑的，阿爾宙斯。）
（真以為你們打得過我嗎？好吧！我讓你們見識一下！我和你們的差距！）