在離開新島之前，小修放出夢幻，讓它把喬伊他們四人有關新島的一切的記憶刪除掉，因為這些經曆對他們而言或許太恐怖了，夢幻把他們有關新島的記憶刪除掉的同時，還把所有受到邀請函的訓練家和港口的君莎他們的有關新島的記憶一塊刪掉，最終，還記得新島的事的就隻剩下他們八人。在回往真新鎮的路上，大家遇到了一隻吸盤魔偶，小智想收服它，但馬戲團團長阿津也想收服它，但最終讓它逃走了，小剛從阿津的臉上看出她有心事，於是上前打問，最終知道阿津因為訓練她的吸盤魔偶不當，以致不肯表演。而小剛想到一個妙計，就是讓小智按原著中那樣扮演吸盤魔偶，最終演出正常開演，可就在這時，火箭隊不知情地把扮演吸盤魔偶的小智搶走，也在這時，大家也遇到了小智的媽媽，花子阿姨。被火箭隊帶走的小智表露身份逃回去，同時花子阿姨還誤把真正的吸盤魔偶當小智，好生招待了它，然後就在這時，吸盤魔偶被花子阿姨收服，然後真正的小智和花子一碰麵才知道她搞錯了。就在這個時候，火箭隊又卷土重來，想再次抓吸盤魔偶，小茂他們想就此打飛他們，但被小修阻止，說先看看，最終阿津為救它的吸盤魔偶所展現出來的勇敢打動了吸盤魔偶，小修才說已經可以了，最終小茂和小藍的神奇寶貝直接把火箭隊他們打飛，阿津也和她的吸盤魔偶重歸於好了；來到大木研究所，小智和小茂進行了一場久違的對決，嚇壞了庭院裏的神奇寶貝，還是小黃和小修趕緊安撫才沒出事，就在這時，迷路許久的火箭隊出場，打斷小智和小茂的對決，被小藍直接打飛，而且他們的決鬥也最終因為小修說把決鬥結果留到石英大會一決勝負來得好，他們才最終停了下來。
在接下來的特訓的幾天，一行人紛紛遇到了不少的事，比如被大木博士委托到比努海岸的西野森博士那裏解開呆呆獸的進化之謎，最終西野森的呆呆獸和武藏收服的大舌貝共生進化，成了呆河馬，解開了呆呆獸的進化之謎，最終，西野森博士決定把呆河馬送給小霞撫養，因為哥達鴨依舊和呆河馬成為了朋友，哪怕進化了也改變不了；在比努海岸做特訓的時候，小智在海中腳抽筋遇難時，幸好被敏川特與馬奎爾救起，後來大家一塊來到敏川特先生的家，得知這一人一皮卡丘背後感人的故事，就在這時，火箭隊又跑出來搗亂，把皮卡丘秋秋皮丘和馬奎爾抓起來逃走，大家乘坐敏川特先生的快艇前去追趕，小智的波導很快就找到了火箭隊他們，在小霞的神奇寶貝的幫助下，火箭隊又和原著一樣被打飛，並且大家都被救了回來，就在這時，馬奎爾全身發出藍光，敏川特知道這是表示20年一次的大海浪要來了，於是拿出衝浪板，要開始挑戰大海浪，最終他成功了；一行人被花子阿姨委托到村雨植物園摘草藥，然後妙蛙種子在那裏開始了自己的愛情，林子有個煩惱，為了繼承家業，應該進化的臭臭花遲遲進化不成霸王花，剛好火箭隊又跑出來搗亂，在小剛的鼓勵下，林子拿出了她的臭臭花迎戰，最終林子打敗了火箭隊，並向他的青梅竹馬岩風告白，林子甚至還把她的臭臭花送給小黃，因為她知道自己是沒辦法參賽的，但至少有人可以代替她參賽；為了恢複特訓，小修帶大家來到露營場訓練，遇到一個叫克子的女訓練家上前挑戰，小智接受了她的對決，就在他們要開打的時候，火箭隊又跑出來搗亂，但抓錯成了克子的雷丘，被教訓了一頓，這時著名導演南野導演跳出來，說要招募神奇寶貝演員，一行人都參加了，最終和原著一樣，小霞的哥達鴨成為了主角，而火箭隊因為沒被選中而搗亂，但被哥達鴨輕易打飛，最終電影圓滿拍攝成功；由他們的神奇寶貝主演的電影將在好萊塢上映，一行人這次包括花子和火箭隊一起來到好萊塢，喵喵遇到了它的初戀瑪丹娜，得知它現在跟它曾經的老大在一起，於是跟老大決鬥，最終獲勝，但瑪丹娜因為已經愛上了那頭貓老大，所以並沒有回心轉意，而且它還是保持過去的那個觀點，給喵喵巨大的打擊；一行人後來到米亞茶山找希巴挑戰，卻遇到了巨大大岩蛇，小黃能感受到那頭巨大大岩蛇很痛苦，小智偵測到它的岩縫體內有頭穿山王，大家立馬明白那就是導致大岩蛇暴走的原因，希巴這時出現，朝巨大大岩蛇的頭部給予重重的一拳，竟然把對方直接打暈了！希巴根據小智的波導的指示，把那頭穿山王取出，塞蕾娜趁機把那孩子收服。
希巴把巨大大岩蛇收服後，問：“你們是來這找我的吧？”
“您怎麼知道的？”小剛問。
“兩個天王候選人，會來這裏就隻可能是挑戰我，得到我的位置。”
“那您誤會了，要挑戰您的是他們三個。”小霞指著小修他們說。
“是你們嗎？也行，除去剛收服的大岩蛇，我身上剛好帶了三隻神奇寶貝，你們三個輪流挑戰我吧，誰先？”
“我！”3
“好吧，你們三個把你們的名字寫在紙上，然後我通過抓鬮來決定第一個，可以嗎？”
希巴的提議他們很快就接受，最終順序為小修小茂小智。
“去吧！戰舞郎！”希巴對付小修派出的是戰舞郎。
“去吧！戰車！”小修派出的卻是屬性遭到克製的戰車。
“這隻神奇寶貝？莫非是芳緣地區的波士可多拉？”希巴到底是四天王，很快就認出。
“嗯。”
“對付格鬥係的神奇寶貝最好派飛行係或超能力係，波士可多拉可是鋼鐵和岩石係，難道你認為用它就可以打得贏我嗎？”希巴有些生氣的說。
“希巴先生，我正是因為沒有小瞧你，才會派戰車啊，以賜予之名！吾賜予戰車進化的能力！超越進化！戰車！進化！”彩光一散，波士可多拉登場。
“原來如此，是傳說中的進化啊，不過不利的屬性依舊在！戰舞郎！回旋踢！”
（用蠻力抓住它的雙腿！然後使用泰山壓頂！）戰車抓住戰舞郎的雙腿，讓它無法使用回旋踢，就在它要用泰山壓頂的時候，希巴指揮道：“就這樣使用近身打！”
（用變硬保護自己！同時繼續用泰山壓頂！）
戰車雖然用變硬強化了防禦，但戰舞朗的近身打威力很大，它差點就鬆手了，但還是忍住，狠狠地壓住戰舞郎，雖沒把對方壓到無法戰鬥，但至少它也不好受。
戰車離開戰舞郎，捂住被打擊的腹部，大口喘氣，戰舞郎也艱難地站了起來，大口喘氣。
“你的神奇寶貝不錯呢，但現在它恐怕承受不了戰舞郎的攻擊，你認輸吧。”
“抱歉，我沒這打算！戰車！使用重磅衝撞！”
“既然你要拚！我奉陪！戰舞郎！飛膝踢！”
兩大招數碰撞起來，產生爆炸，最終戰車被打倒，並退出形態，燒蚊香了。
小修把它收回來說辛苦了，然後小茂出戰，希巴派出的是飛腿朗，小茂派出的是他的七夕青鳥。
“哦？這回是七夕青鳥，屬性上很有優勢呢。”
“馬上就更有優勢了！以賜予之名！吾賜予七夕青鳥進化的能力！超越進化！七夕青鳥！進化！”光芒散去，美麗的七夕青鳥登場。
“哇好美”在場的女生眼冒愛心，無他，七夕青鳥的形態實在是太美了。
“又是進化，真想知道你們是怎麼做到的，不過罷了，飛腿朗！二連踢！”
“棉花防禦。”七夕青鳥很輕易地接下沙瓦朗的攻擊。
“很好！接下來使用魅惑之音！”魅惑之音精準打中了沙瓦郎，飛腿朗露出痛苦的神情。
“飛腿朗！你還好吧？”
“希巴大師，看來你要輸了。”小茂得意的說。
“別得意！飛腿朗！用子彈拳！”
小茂暗道不妙，七夕青鳥已經被打中，發出痛苦的叫聲。
“趁現在！連續使用子彈拳！”希巴瞬間猜到進化還會改變屬性，而且它可能改變成會被鋼克製的屬性！之前被克的那麼死，現在可以反擊他哪能放過！
在連續的子彈拳的打擊下，七夕青鳥撐不住了，解除形態，燒蚊香了。
“輸了呢，回來吧七夕青鳥！”小茂遺憾地把七夕青鳥收回，對小智說：“你最好別輸。”
“知道了。”最後是小智上場，希巴也派出他最後一隻格鬥的神奇寶貝：快拳郎，小智派出大嘴娃。
“這隻大嘴娃莫非也可以進化？”
“沒錯！以賜予之名！吾賜予大嘴娃進化的能力！超越進化！大嘴娃！進化！”光芒散去，大嘴娃登場。
希巴看到他們派的神奇寶貝都可以進化，有些嫉妒地說：“你們神奇寶貝的這種能力也太遭人恨了吧。”
“你管得著！大嘴娃！妖精之風！”大嘴娃身體一甩，吹起粉色的風。
“快拳郎！真空波！”艾比郎使出真空波抵擋，但沒擋住，被妖精之風打中。
“快拳郎！”“趁現在！嬉鬧！”
大嘴娃跟快拳郎嬉鬧的同時不斷攻擊它，讓快拳郎痛苦萬分，就在小智以為要贏的時候，希巴下指令說：“快拳郎！雙倍奉還！”
小智瞬間感到不妙，雙倍奉還那可是可以把受到的所有傷害全部返還的招式！絕對不能中招的呀！
可惜晚了，大嘴娃和快拳郎之間的距離非常近，想躲開根本不可能，它又無法學會看穿，於是被快拳郎狠狠反擊，最終也燒蚊香。
“啊我也輸了，果然四天王都是群強大的家夥呢。”小智說。
“你們當我傻啊，我還看不出來這不是你們最強的神奇寶貝，我可以肯定，如果你們派的是你們最強的神奇寶貝，我一定打不過你們。”希巴一針見血地說。
“嗬嗬。”因為被揭穿，三人隻能苦笑。
“唉，罷了罷了，總之謝謝你們幫忙救了這隻大岩蛇，再見了！”說完希巴便離開了。
看到希巴離去，小藍說：“既然希巴先生走了，那麼履行賭約吧。”
“真是的，早知道就不打這個賭了。”小修放出小蜻，準備和它合體。
“唉，大嘴娃，合體吧。”小智對他的大嘴娃說。
小茂拿出他的尼多後說：“尼多後，和我合體吧，豈可修！沒想到不用月精靈竟然真的贏不了！早知如此就不和你們打賭了！現在要變成女孩子了！”
“明明是你們三個互相打賭，說誰輸了誰就要變成女生，還請我做這個見證人，既然我都做了這個見證人，那麼我就要履行見證人的職責，快點！”
三人和自己的神奇寶貝合體，變成了女生，解除合體後，小修和小智神態自如，不！或者說，應該叫小慧，而小茂嘛
紅棕色的長發，墨綠色的眼瞳，因為女性化後看起來像是傲嬌和因為第一次合體而臉紅的臉，再加上不輸於小慧的身材，看起來也是個絕世美女，不過當然，終究隻是美女的程度，和小慧那種跨越性別的妖精比，差遠了。
“啊啦啊啦，怎麼你的臉好像在說‘輸了’呢？”
“誰說的！”小茂臉紅說。
“要不要給你取個名字呢？嗯小葉如何？”小慧問。
“要取也是我自己取！別擅作主張！”
“葉子好了，更合適，因為你們倆站在一起，她就是個徹頭徹尾的葉子。”小修說。
“你有種再說一遍！而且這和剛才的名字有差嗎！”
“我還真不敢，因為我們現在的確沒種。”
“我竟無言以對。”小茂這時發現，跟小修吵架絕對超不過他，他也就放棄和他吵，對小慧說：“總而言之，我的美貌或許跟你比差遠了！但實力我絕對勝過你！”
“哦？是嗎？”小慧突然靠近小茂，然後一把抓住她的胸部。
“呀”小茂發出尖叫，同時迅速脫身，臉紅說：“你你你你你怎麼可以做這麼不知羞恥的事啊！”
“我記得小藍說過女生之間這樣的小打小鬧是可以的，而且她還對塞蕾娜做過同樣的事，既然如此，我幹嘛不能這麼做啊？頂多就是便宜某個眯眯眼禦姐控。”
此時那個眯眯眼禦姐控已經倒在血泊中，臉上寫滿了幸福。