與小茂和小藍分離後，小修把這些神奇寶貝分給大家，讓大家自己選擇要那些神奇寶貝做他們的夥伴，然後小黃拿走了一隻菊石獸，並取名菊石，然後小剛拿走了一隻化石盔和菊石獸，小霞拿走了一隻多刺菊石獸和鐮刀盔，塞蕾娜也拿走了一隻化石盔，小修希望小智能收下化石翼龍，不過小智一開始是拒絕的，畢竟它差點就要吃掉塞蕾娜，但小修說這樣他以後有的是時間可以報複化石翼龍，於是他也就欣然接受了，最後小修自己留下了一隻鐮刀盔和多刺菊石獸。然後一行人又繼續旅行。
在旅行的過程中，塞雷娜的皮丘不小心被蘋果噎住，大家帶它到一家醫院裏，遇到了杜醫生，在杜醫生的治療下，皮丘被治好了，就在這時，神奇寶貝中心緊急來電，要求杜醫生所在的醫院接受一些受傷的神奇寶貝，杜醫生隻得臨危受命，然後委托塞蕾娜他們幫忙，最終一夥人留下來幫忙治療。小修和小黃的常磐之力負責治愈有嚴重外傷的神奇寶貝，其他一夥人給其他的神奇寶貝進行治療，然後火箭隊的神奇寶貝也來接受治療，他們的神奇寶貝治療好後他們想抓住這裏的神奇寶貝，但阿柏蛇它們不肯，然後他們又一次空手；然後一行人在繼續旅行的途中，發現了小次郎的尋人啟事，被小次郎家的管家帶走，然後得知小次郎為何拋棄原有的生活，要離家出走的原因，大家想幫忙，但無奈隻能一旁觀看，最後小次郎終於逃離了出來，並且帶上了他的卡蒂狗小卡；一行人在旅行中被一隻大蔥鴨騙走了所有的精靈球，同時火箭隊的神奇寶貝也被騙走了，大家一起去找那個騙子算賬，最終騙子被抓，小霞的神奇寶貝也拿回來了；一行人在繼續旅行中，發現小智在大傻穀撿到的那枚蛋要孵化了，大家開始為爭奪這枚蛋的歸屬是誰的問題展開了爭奪，最後蛋孵化出了一隻波克比，而這隻波克比並沒有像原著中那樣選擇了小霞，而是選擇了塞蕾娜；然後一行人在旅行中發現妙蛙種子有要進化的征兆，然後大家發現了不可思議花園，但小智的妙蛙種子拒絕進化，惹惱了妙蛙草和妙蛙花，之後火箭隊又跑出來搗亂，小智的妙蛙種子在這個時候學會了陽光烈焰，而且因為之前的特訓，並沒有蓄力太久，一下子就發射出去，最終贏得了妙蛙花長老的諒解；後來一行人來到了玩偶鎮，這個時候正在舉辦娃娃節，塞蕾娜和小黃一聽說在這個時候女孩子買任何東西都可以打折，馬上展開了瘋狂的購物，可苦了他們這些男孩子了，為了免受災難，小修和小蜻合體，變成了紫羅蘭，小智照搬其方法，和大嘴蛙合體，變成了小慧，不得不說，小慧的殺傷力真驚人，一下子就迷倒了所有的男性和女性，所有的店鋪都給小慧免費，大家也因此買了更多的東西，導致小剛他不得不拿出他的神奇寶貝出來幫忙拿了。然後玩偶鎮舉辦了一場神奇寶貝娃娃女王的比賽，一行人中也就小霞參加了比賽，因為他們家雖然有很多的娃娃，但基本上都是她姐姐的，她自己的一個也沒有，塞蕾娜和小黃對女兒節娃娃並不感興趣，也就沒有參加。最終，小霞用自己的神奇寶貝闖入了決賽，武藏也打到了決賽，而打到最後，小霞的神奇寶貝前三隻都敗給了武藏的大舌頭，最後還是可達鴨力挽狂然，打敗了大舌頭，讓小霞成為了冠軍；一行人繼續旅行，路過一家育幼院，大家放出自己的神奇寶貝跟孩子們玩耍，一位名叫阿勉的孩子希望可以和喵喵玩耍，最終大家開始尋找那隻喵喵，最終找到了；後來一行人走在森林的路上，發現了一座警犬卡蒂狗訓練所，小智他們參加了訓練，和原著完全不一樣，分分鍾完美過關，之後火箭隊用氣體把大家的聲音都改變了，還讓卡蒂狗的鼻子失靈，企圖以假亂真，還命令卡蒂狗們攻擊君莎與小智等人，但最終卡蒂狗與君莎小姐的羈絆起了作用，卡蒂狗們沒有上當，還趕跑了火箭隊；然後一行人又繼續旅行，遇到了天才攝影師阿徹，他想給皮卡丘和小蜻拍照，小蜻自然接受，但皮卡丘有些不習慣按快門的聲音，所以是拒絕的，而阿徹非常執著，一定要給皮卡丘拍照，最後得知火箭隊欺騙了他，同時他們還跑出來要對付小智他們，但還是被打飛了。
之後一行人與阿徹一起旅行，阿徹說有一種名叫神奇寶貝鑒定考的考試，問小智要不要考試，小修替小智答應了下來，因為他想知道他交給小智的理論小智記住了多少，同時小黃也想參加，因為她想知道自己的理論基礎有多高，小修也選擇了參加。
在鑒定考場，小修他們在拿自己的號碼牌。
“好耶！幸運7！真！”小智說。
“我還好啦，18。”小修說。
“我是14。”小黃說。
“好了，請你們把精靈球交給我保管吧。”監考員說。
“這是為什麼？”小智和小黃不解的問。
“因為在參加神奇寶貝鑒定考的時候，是不需要使用自己的神奇寶貝的。”小修解釋說。
“這樣啊，我知道了。”小智把除了皮卡丘以外的神奇寶貝都交了出去，皮卡丘暫時由塞蕾娜保管，小黃和小修也是全交了出去，但小蜻主動跑了出來，走到了塞蕾娜的身後。
考試開始了，小智很流利地答對了這些基礎的選擇題，小黃也是，小修預計小智和小黃在這些選擇題上應該是基本滿分，也就放心了，他記得之後的題目才是難點，於是做完選擇題後開始努力回憶那段劇情。
到了第二考場，開始做填空題，第一道題是看影子來猜測是什麼神奇寶貝，小智和小黃填了雷電球和頑皮彈，小修則填了哎呀球菇，結果全部打錯，正確答案是從上往下看的胖丁。
第二道題是看一個蚊香來猜是什麼神奇寶貝，小修和小智認為是蚊香蛙，小黃認為是蚊香蝌蚪，結果小黃答對了。
然後第三題是看尾巴，小智填小火龍，小黃填噴火龍，小修填火恐龍，結果大家再次打錯，正確答案是小火馬。
最後武藏答不下去了，離開了考場。最終結果出來了，大家的排名雖然不高，比起小次郎的還需好好努力來的好。
到了第三個考試地點，是實戰考試，大家都選好了自己的腰帶，小次郎第一個出場，卻因為違反規則而被判出場。
第二個出場的是小黃，教官最先派出神奇寶貝，是小拉達。
“小拉達，小黃的運氣不錯，小拉達的實力可不怎麼強。”小霞說。
“去吧！”小黃也派出了她的神奇寶貝，可卻是，皮丘！
Σ（△）︴“我”
“多說無益，看比賽吧。”小修無奈地說。
小黃一開始有些驚訝，然後說：“竟然是皮丘！哈哈！好懷念哦，以前收服秋秋的時候它還是一隻皮丘呢。”
“回憶可不能作為戰鬥經驗，小妹妹，小拉達！使用撞擊！”
“皮丘躲開！然後趁機使用天使之吻！”
皮丘躲過小拉達的撞擊後使用了天使之吻，不僅讓小拉達的眼睛變成了愛心，同時還讓在場所有的女性的眼睛都變成了愛心，無他，皮丘做飛吻的樣子實在是太萌了！
“趁現在！用尾巴跟小拉達聊天！”小黃的這個指令讓教官眼前一亮，因為大家都知道，皮丘是使用電氣攻擊還會傷到自己的神奇寶貝，但這個可不一樣，因為皮丘們經常用尾巴發電交流感情的。
結果還處於混亂狀態的小拉達就這樣電成焦炭了。
“幹得不錯，小姑娘，回來吧小拉達。”教官把小拉達回收，並拿出另一個精靈球說：“不過也別太得意！去吧！”這次教官派出的是隆隆岩。
“誒，這隻啊，回來吧皮丘。”小黃把皮丘收回，然後拿出另一個精靈球說：“希望這個孩子是水係的！去吧！”
可是出來的卻是，皮卡丘！
小修他們都撲街了，不給水係也就算了！為什麼給的還是皮卡丘啊！這是在玩皮卡丘一家親嗎！
“看來你運氣不好呢，小妹妹，隆隆岩！用撞擊！”
“我才不會認輸呢！皮卡丘！對地麵使用十萬伏特！”
塞蕾娜不解地問：“為什麼小黃會下這個指令呢？”
“看著吧。”小智神秘地說。
皮卡丘對地麵使用十萬伏特，打出了一個凹痕，隆隆岩剛好踩在上麵，然後跌倒了。
“哦！蠻不錯的嘛。”教官讚賞說。
“趁現在！用飛沙腳！”皮卡丘不斷地用飛沙腳揚起大量塵土。
“然後用高速移動圍繞著隆隆岩轉圈，同時使用十萬伏特攻擊地麵！”
教官再次眼前一亮，因為小黃的這個指令可是非常的巧妙，用飛沙腳揚起大量塵土，再加上高速移動帶動這些沙塵，完全阻礙了隆隆岩的視線，同時向地麵連續使用十萬伏特，把原本平整的地麵變得凹凸不平，以此阻礙滾動技能。再加上視野有限，無法準確發動攻擊，但
“隆隆岩！用地震！”既然看不到，那就用範圍性的技能攻擊，而且地震對皮卡丘來說可是效果群拔。
“趁現在！先用嗅覺找到隆隆岩的位置！然後用舍身攻擊把隆隆岩撞到！”小黃雖然看不到隆隆岩的狀況，但是從指令可以猜到隆隆岩現在隻有一隻腳作支撐，皮卡丘現在撞上去，一定可以將它撞倒。
果不其然，一個巨大的聲響傳來，小黃就明白皮卡丘把隆隆岩撞倒了，不過她很快就說：“這場比賽我認輸！”
塞蕾娜和小剛小霞都不明白這是為什麼，小智說：“皮卡丘已經倒下了。”
如小智所說，沙塵一散，皮卡丘就倒在隆隆岩的旁邊燒蚊香，看到他頭上的大包就明白他真的撞了隆隆岩，小黃趕緊給它治療。
“小妹妹，你的能力不錯，及格是沒問題了。”教官說。
“可是教官，這場比賽應該是三局兩勝製的吧？我還有一局呢！我想再打！”
“好吧。去吧！”教官最後派出的神奇寶貝是可達鴨。
“可達鴨，我可不認為和小霞姐姐那隻可達鴨一樣，去吧！”可真如眾人所想，小黃抽中的真是皮卡丘一家親啊！最後一隻神奇寶貝是雷丘。
這下子不隻是小智他們撲街了，連包括教官在內的所有人都撲街了，小黃的運氣可真不是一般的詭異啊。
小黃很快就調整好了狀態，下達指令說：“雷丘！用打雷！”
雷丘一招打雷打在可達鴨身上，效果群拔，直接秒殺了可達鴨。
雖然小黃獲勝了，但她可高興不起來，畢竟她恐怕是第一個抽到這種陣容的參賽者吧。