5天後
在彩虹市附近的一座森林裏，常常會傳來神奇寶貝戰鬥的聲音，很多人向前去裏麵挑戰的時候，神奇寶貝們均害怕到不敢進去，那些訓練家也不明白這是為什麼，在今天，從裏麵出來了8個人，這8個人，除了一個是10歲以下的蘿莉外，其他人全是10歲以上的少年少女，其中一名長相帥氣的少年他全身傷痕累累，他身上的衣服都變成了布條，而戴著帽子的少年帶著護目鏡的少年和一名紅發少女看上去都十分疲憊，帥氣的男孩說：“小修你的訓練方法雖然好，但是把我打成這樣你不覺得你該付我點醫藥費嗎？”
帶著護目鏡的男孩有氣無力地說：“我不記得你有這麼貪財啊，小茂，而且經過我的訓練，大家都變得比以前強了那麼多不是嗎？很多神奇寶貝還進化了呢，你們不也變得比以前更強了嗎？”
紅發少女大怒道：“你還真有臉說啊你！你知不知道你給我的訓練內容有多麼的難啊！我整個人都快崩潰了誒！”
戴著帽子的少年跟著說：“就是說啊！你知不知道我和小藍是在怎樣的狀態下度過這些訓練的呀！小藍隻是幾乎崩潰，我整個人都崩潰了！”
“我說，你的訓練內容好像是我們當中和小黃一樣比較簡單的訓練內容吧？你竟然還因此崩潰了？就你這樣還想當精靈掌門人？做夢去吧小智！”
沒錯，這8個人正是小修他們，小修的訓練方案讓大家痛苦不堪，但有付出就有回報，在這短短的5天裏，小智的小火龍進化成了火恐龍，大鉗蟹也進化成了巨鉗蟹；小茂的嘟嘟進化成了嘟嘟利；小剛的小拳石進化成了隆隆石，超音蝠進化成了大嘴福，傑尼龜則進化成了卡咪龜；小霞的角金魚則進化成了金魚王，墨海馬進化成了海刺龍；塞雷娜的海星星也進化成了寶石海星；小黃的小拉達小嘟嘟也紛紛進化；小修的裝甲花鈴和傑克也統統進化了，其他的神奇寶貝，有的是已經無法進化，有的是還不能進化，但實力也有了很大的進步，學會了不少的新技能。
小茂回到森林裏，從背包中拿出一套新衣服穿在身上，在從森林裏走出來，小修一看，這不是特別篇小茂穿的衣服嗎？
小茂說：“我決定了，絕對不和你小修一塊旅行！我要回去找我的那些美女們！再見！”小茂說完，頭也不回就走了。
“我也是！打死我也不會再跟你們同行了！大不了我一個人旅行！”說完小藍就用瞬間移動離開了。
“真是的，就這麼怕我的訓練嗎？算了，小黃，你掌握了嗎？你的那些技能？”小修問。
“嗯，沒問題了。”小黃說。
“那就好，現在我們要去哪呢？各位？”小修問。
“肯定是打道館了！”小智熱血的說。
“小智，在這之前你得先讓神奇寶貝們休息片刻，小修安排的訓練讓大家都很疲倦了，不先讓它們得到充分的休息它們可沒辦法打好道館的哦。”小剛說。
“這樣啊，好吧。”
“那我們回神奇寶貝中心去吧！我想趕緊洗個澡！”塞蕾娜迫不及待地說。
這也難怪塞蕾娜會如此迫不及待，在這森林裏的5天，他們根本就沒離開過森林！森林雖然有河流可以洗澡，但他們這些女孩子可不願意在這種地方洗澡！所以這5天裏，這些女孩們可謂抱怨連連，現在總算可以洗澡了，她們能不如此迫不及待嗎？
一聽到可以洗澡了，小霞直接先跑一步，然後被塞蕾娜注意到後也跟著跑，小黃也趕緊追上去。
看到這些女生為洗澡而如此瘋狂，小智表示不理解，小剛和小修則是在心裏暗歎道：（女生真可怕。）
回到神奇寶貝中心時，天色已經暗了下來，塞蕾娜她們也已經洗好澡，回到自己的房間裏睡著了，小智他們也回到自己的房間裏呼呼大睡去了。
第二天一早，小修用超能之力把眾人叫醒，大家把早餐吃完後就離開了彩虹市，在前往下一道館的所在地的同時，他們一路上又遇到了不小的麻煩，彩虹市在三天前出現的小孩子失蹤和神奇寶貝昏沉事件，小修一行人循線追查，發現是三天前進化的索利柏的影響，這時火箭隊突然出現要強走索利柏，但被小黃的神奇寶貝打敗，然後又飛了，小霞還因此收服了原著中那隻可達鴨；後來一行人來到了頂尖飼育家們聚集的美容街，武藏和小次郎在這裏開店把神奇寶貝打扮的怪模怪樣，並企圖趁機偷走珍貴的神奇寶貝，小剛帶領小修小智小黃和塞蕾娜來找小雪，得知火箭隊的作為，而與小修等人一起把火箭隊打飛，然後收小雪之托，暫時替她照顧對他有好感的六尾；之後小智一行人遇見了愛美的父親，與之交戰，然後受愛美的委托，小智帶著火暴猴參與1大賽，要打倒愛美爸爸的快拳郎，不料火箭隊又來搗亂，用卑鄙的手段讓飛腿郎打敗快拳郎，然後那隻被他們偷來的飛腿郎被小智的火暴猴打敗，然後他們又放出自己的神奇寶貝來破壞大賽，最終被小智的皮卡丘給電飛了；後來一行人來到了黑雲市，由於小黃的秋秋是放置在外，結果一到黑雲市就因為這裏的電氣過多而電磁化，被塞蕾娜和小黃誤認為是感冒，將其帶到神奇寶貝中心，後來因為大量地臭泥堵住了發電機海水的進水口，導致停電，為了調查停電事故，一行人跑到了發電廠，後來還因為秋秋身上電磁化的原因，被一隻小磁怪喜歡上了，然後塞蕾娜就將它收服，後來大量地臭泥出現，還出現了臭臭泥，眾人紛紛逃跑，跑到了控製室，但臭臭泥指揮臭泥們撞開了大門，眾人不得不與其大戰，最終在小磁怪的夥伴的幫助下，臭泥們被趕走，小智還因此收服了那隻臭臭泥，後來火箭隊又出來搗亂，可還沒出場多久就被自己那愚蠢的發明給坑了；之後一行人來到了一座深山，那裏正在建造水庫工程，結果因為地鼠們的原因遲遲不無法建成，哪裏的負責人就招募一群優秀的神奇寶貝訓練家來趕走地鼠，但因為他們的神奇寶貝知道地鼠們為何搗亂，於是所有的神奇寶貝們都沒有戰鬥，後來小黃跟地鼠們交談，帶大家看到了地鼠們阻止水庫工程的原因，負責人看到地鼠們種植的森林田，放棄建造水庫工程，最終，一行人終於在小智的波導探測下，找到了淺紅道館。
淺紅道館和一般的道館有所不一樣，別的道館都是很現代化的道館，而淺紅道館是傳統房屋，看上去很有曆史遺留的滄桑的味道，小智和小修突然停了下來，塞蕾娜不解地問：“怎麼了？為什麼不進去呢？”
“人就在門外，還用進去？”小修反問道。
“納尼！”其他人趕緊觀望四周，可並沒有看到人影。
“沒人啊，尼醬，你是不是搞錯啦？”小黃問。
“我沒搞錯，的確有人在外麵。”
“是三個人，一男兩女，我雖然用波導看到了他們，可我的肉眼根本看不到他們。”
“不會是幽靈吧！”小霞害怕地說。
“哈哈哈！我們可不是幽靈！而是忍者！看來這兩位朋友有些特殊手段呢。”突然，門口產生大量的白煙，白煙一散，出現了三個人，如小智所說，是一男兩女，男的是一名中年大叔，看上去很嚴厲，兩個女的一大一小，小的看上去和小智他們同歲，有著暗紅色眼睛和頭發，大的穿著花俏。小修認得他們，男的是阿桔，小一點的是阿杏，大一點的是阿雅。
“是忍者！”5
“你們是忍者的話你們會不會火遁啊？”小智激動地問。
“能展示水遁給我們看嗎？”小霞同樣激動地問。
“我想看土遁！”小剛和他們一樣激動地說。
“能不能召喚什麼大蛤蟆給我看看啊？”小黃閃著星星眼問。
“能不能讓我看看分身術啊？”塞蕾娜也閃著星星眼問。
看到他們這個樣子，再加上阿桔他們此時的懵逼表情，小修真的很想離他們遠遠的，裝作不認識他們。
（⊙﹏⊙）“聽我說，我們雖然是忍者，但我們不是火影忍者啊！別把我們想得太好了！”阿杏說。
“什麼嘛。”大家馬上就失去興趣了。
“咳咳，回歸正題，我們是來挑戰道館的，這裏應該就是淺紅道館吧。”小修雖然看上去是在問對方問題，可語氣卻是非常確定的語氣。
“來挑戰道館的人是誰。”阿桔說。
“我。”小智和小修同時舉手說。
“既然如此，你們兩個誰先跟我打？”阿桔問。
“你能接受雙打嗎？”小智問。自從他們跟別的道館打雙打太久了，小智現在隻要一看到道館裏的人多，就會問他們接不接受雙打。
“呃這個”阿桔有點犯難，他還是第一次聽到有人跟他提這種要求，他有點措手不及，不知該如何回答。
“我們接受！”此時阿雅和阿杏說。
“誒！你們”“父親！這兩個人一個看起來弱不禁風的，另一個一個看起來傻不溜秋的，肯定很好對付，不需要父親大人親自出手！”“沒錯！哥哥！這裏就由我和阿杏來對付就行了。”阿桔還想說什麼，就被阿杏和阿雅打斷。
看到他們二人如此堅持，他也隻好把道館戰交給她們了，他也正好想看看小智和小修他們的實力。
而小智和小修則有些生氣，畢竟對方竟然說他們一個是弱不禁風，一個傻不溜秋！他小修僅僅隻是臉色看起來白了點！雖然說小智傻不溜秋倒也正確，但他們還是感到很生氣。
“誒！你叫什麼名字！”小智指向阿杏問。
“我嗎？聽好了！我叫阿杏！這是我姑姑阿雅！這是我爸爸阿桔！我可是未來要繼承這家道館的忍者！”阿杏自我介紹的同時還把阿雅和阿桔的名字也介紹了下。
“阿杏嗎？聽好了！我叫小智！他是小修！這是塞蕾娜小黃小霞和小剛！”他剛想介紹小剛的時候小剛已經跑過去跟阿雅搭訕去了，不過被阿雅無情地踩在腳下。
看到小剛如此花癡的樣子，眾人滿頭黑線，小霞直接用抓耳神功把小剛拉走。
之後阿桔帶著他們來到道館的內部，來到了一個大房間，看起來這裏就是對戰場地了。
阿桔站在裁判的位置上說：“使用的神奇寶貝每人各一隻！哪一方的神奇寶貝均失去戰鬥能力，另一方則獲勝！那麼，比賽，開始！”
“去吧！毛球！”阿雅派出了她的毛球。
“上吧！瓦斯彈！”阿杏派出了她的瓦斯彈。
“毛球和瓦斯彈都是毒係神奇寶貝，其中毛球還有蟲係屬性，你知道該用什麼神奇寶貝的吧？小智？”小修問。
“你呢，你要派哪隻神奇寶貝呢？”小智反問道。
“裝甲！去吧！”小修直接派出了他的裝甲，裝甲在那三天的特訓裏，進化成了穿山王。
“既然如此，火恐龍！去吧！”小智也派出了火恐龍。
“哼！果然會派出屬性克製的神奇寶貝呢，毛球！睡眠粉！”阿雅指揮說。
（火恐龍，用噴射火焰把睡眠粉燒掉！）小智用波導指揮說。
火恐龍立馬用噴射火焰把睡眠粉燒的幹幹淨淨。
“怎麼會！明明訓練家沒有下達指令！為什麼”
（裝甲，用流沙地獄把毛球困住！）小修趁機趕緊用波導指揮說。
“瓦斯彈！對穿山王用泥漿彈！”阿杏雖然不知道那隻火恐龍為什麼會在沒有訓練家下達指令的情況下自己攻擊，但她不認為那名訓練家沒有下達指令，而且她總覺得那隻穿山王好像要做什麼，於是趕緊讓瓦斯彈攻擊。
事實是正確的，穿山王原本要用流沙地獄把毛球困住，但因為瓦斯彈的泥漿彈的原因，不得不放棄。
看到阿杏做出了非常正確的判斷，阿桔臉上出現了一絲欣慰，原本他還在想自己要是當上了天王由誰繼承道館，現在看來就讓阿杏繼承好一點，阿雅的話還需要再加以修行才行。
看到攻擊被打斷，小修也沒氣餒，繼續下指令說：（裝甲，用震級變化！）
（火恐龍！趁機用尾巴跳起來！然後對瓦斯彈用烈焰濺射！）
“瓦斯彈！對火恐龍使用泥漿炸彈！毛球！跳起來的同時對穿山王使用信號光束！”不得不說，阿杏的直覺真好，一下子就感覺到那兩隻神奇寶貝要做的事，一看到穿山王把腳抬起來就猜到它要用什麼技能了，馬上讓毛球跳起來，同時攻擊穿山王，並且還讓瓦斯彈擋下火恐龍的攻擊。不過阿雅就有些不開心了，因為阿杏竟然會突然指揮自己的神奇寶貝，明明她自己指揮就行了！不過她並不認為阿杏是在添亂或看不起她。
（裝甲，改用真氣彈！）但是阿杏沒想到小修會突然讓裝甲改變技能，這恐怕是她措手不及的事吧。
很快，裝甲的“真氣彈”，瓦斯彈的泥漿炸彈，火恐龍的烈焰濺射”毛球的信號光束，全部碰撞在一起，而烈焰濺射是有著附帶濺射傷害，毛球和瓦斯彈都不幸中招。
（裝甲！趁現在用螺旋球！）
（火恐龍！用蓄能焰襲！）
“瓦斯彈！對火恐龍用高速旋轉！毛球！對穿山王用意念頭錘！”
雙方又一次展開了攻擊，但火恐龍的蓄能焰襲威力可是很大的，一下子就把瓦斯彈撞飛，讓它燒蚊香了，而裝甲這邊也一樣，毛球的意念頭錘根本擋不住裝甲的螺旋球，也被撞飛，燒蚊香了。
“怎，怎麼會？”阿雅有些不敢相信地看著已經攤在地上燒蚊香的瓦斯彈和毛球，毛球和瓦斯彈的實力雖然不能說是很強，但是要把它們打倒可沒這麼輕鬆！她們以往見到的訓練家都是經過一番苦戰才能打敗它們的，可遇到小智和小修的神奇寶貝，就這麼輕鬆地被打敗，哪怕是因為屬性克製，可是這輸的未免也太快了吧！
看到小智和小修的神奇寶貝實力如此的強大，阿桔也有些驚訝，不過他心態好，很快就回過神來宣布說：“瓦斯彈毛球失去戰鬥能力！這場戰鬥由挑戰者小智和小修獲勝！”
“呀呼！贏啦！擊掌！”小智說。
小修跟小智擊掌後說：“還不快去拿徽章，把我的那一個也一塊拿一下。”
“好嘞！”小智走向阿桔，阿桔很莊重地呈上兩枚徽章，小智也很莊重滴拿走徽章，但同時還不忘擺起得到徽章的招牌動作。
“小智，小修，你們的實力很強，這一點我有目共睹，我有個不情之請，能跟我來一場戰鬥嗎？”阿桔提出戰鬥邀請說。
“哦！要再來一場戰鬥嗎？那好！我”“我們拒絕！”小智剛想答應，但小修無情拒絕道。
“誒！為什麼！”小智不解地問。
“小智，你以為我想拒絕這場戰鬥嗎？問題是咱們的時間不多了。”
“不多！什麼不多了？”
“我問你，照我們這迷路功夫，你覺得我們得多久才能湊齊八枚徽章啊？”
“這不知道。”
“以我的估算，大概是3個月。”
“3個月而已，那又怎麼樣？”
“問題是聯盟大賽的報名時間好像是2個月後吧？你覺得我們來得及參賽嗎？”
“你說什麼！這樣子的話我們怎麼趕得上呢！”
“所以，一路上！我們能避免的麻煩就盡可能避免！不能避免的就盡快解決！總之必須趕在聯盟報名時間結束之前湊齊八枚徽章！”
“明白了！大家！我們快走吧！”小智催促道。
就這樣，眾人連休息都沒有，就這麼急急忙忙地離開了，在他們離開的同時，阿杏問道：“爸爸，聯盟比賽的報名時間是什麼時候？”
“這個啊，據說因為要準備聖火，所以要延後到4個月後。”阿桔說。
“那你說，他們要是知道的話會不會回來挑戰你呢？哥哥？”阿雅俏皮地問。
“嗬嗬，誰知道了。”