由於神奇寶貝全部受傷，再加上他們也受了點傷，於是就在彩虹市多呆了幾天，在這幾天，莉佳負責給他們提供住所。
在莉佳提供的這間賓館裏，小修他們在裏麵養傷。
小修問：“這次，我們敗了，敗得很徹底，對方在實力上並沒有比我們強多少，這一點你們都很清楚，但為什麼他們能打敗我們呢？因為他們把神奇寶貝當成工具，讓那些神奇寶貝在我們麵前使用大爆炸，神奇寶貝們都受到了非常嚴重的傷害，所以在這個時候我想問，如果我們也把神奇寶貝當成工具，你們覺得，好嗎？”
“不好！”眾人異口同聲地說。
“我絕對做不到把家人當做工具！”小黃說。
“搭檔永遠都不是工具！”小智u0026小茂u0026小藍。
“我做不到把夥伴當成工具！”小霞u0026小剛。
“我和你們一樣的想法，我也做不到把家人當成工具，而對方可以，所以，我們要變得比現在更強！讓他們，連把神奇寶貝犧牲的機會都沒有！就被我們徹底打敗！你們！有信心在未來的幾個月裏！變得更強嗎？”
“有！”6
“好！等我們的傷全都恢複之後！我給你們製定一些訓練方案！讓我們大家！就此脫胎換骨！”
“哦！”6
這時候莉佳突然到來，什麼也沒說，就直接跪在他們麵前，說：“對不起！我很抱歉！我身為彩虹市的道館訓練家，火箭隊在我的眼皮底下作這種殘害神奇寶貝生命的事，我竟毫無察覺！還害得你們的神奇寶貝因此受到這麼嚴重的傷！我真的很對不起你們！”塞蕾娜她們趕緊把莉佳扶了起來，說：“莉佳姐姐，我們沒有怪罪過你，真的。”
“可是”莉佳還想說些什麼，被小修打斷說：“你如果真的想表示歉意的話，就答應我一件事：收養那些神奇寶貝，你自己收養幾隻，然後在找幾個好的訓練家，把剩下的神奇寶貝托付給他們，有些還不願相信人類的，就把它們放歸野外吧，讓時間衝淡這一切，等到，我們把火箭隊消滅為止！”
莉佳突然發現，這個孩子，比在場的任何人都要成熟，給人一種，非常靠譜的感覺。
不僅是莉佳，其他人也是一樣的想法，他們突然覺得，小修，好像一下子成熟了。
“現在，各位，睡覺。”然後小修就躺在自己的床上，呼呼大睡去了。
眾人瞬間撲街，他們瞬間明白小修會一下子成長為一名成熟的人根本就是不可能的，就好像小智這家夥是絕對不會主動親女孩子一樣！這是除了小智以外的其他人的想法。
殊不知這個想法在未來的某一天被打破，但現在，眾人隻想，教訓一下小修這個混蛋。
十分鍾後
“對不齊，齷齪了。（對不起，我錯了。）”被人打成豬頭的小修口齒不清地說。
小修雖然嘴上說道歉，但他心裏實在想不明白，自己應該沒有做出什麼惹大家生氣的事啊？為什麼會被打呢？而且他好像還看到小黃也出手打他，他是真心不明白。
但再怎麼不明白小修也知道，此時要是不盡快道歉，肯定還會被打！
“算了，原諒你了，小修，我們什麼時候開始特訓？”小智問。
“這個啊，明天，對了，大家都還好吧？”小修突然問起莉佳說。
“你如果是說你們的神奇寶貝的話，他們現在很好，就是你的那隻沙漠蜻蜓好像一直在做噩夢，到現在都還被噩夢所困擾。”莉佳說。
“是嗎？那我去看看它。”小修說完就離開了。
他來到了神奇寶貝中心，走到小蜻的身邊，用超能之力看看小蜻的噩夢，卻看到了令他更憤怒的一幕。
在小蜻的夢中，有一群穿著大白褂的類似研究員的人，不！可能他們就是研究員！他們好像在把什麼東西注射進神奇寶貝的身體裏，然後神奇寶貝們就突然暴斃了，少數沒有死亡的也都發瘋，而且最過分的事，那些科學家並沒有把神奇寶貝的屍體放在試管裏，而是就這樣隨手丟在一邊，甚至那些家夥還拿起神奇寶貝的蛋來做實驗！他甚至都能聽到那些神奇寶貝在蛋裏的哀嚎！然後小蜻醒了，噩夢也結束了。
小蜻和小修大口喘氣，而且他們兩個都流下了眼淚，小修一臉憐惜地摸小蜻的頭，說：“很痛苦呢，我看到了，也感受到了。”說著小修的眼淚流了更多了。
（你現在知道我的真相了吧，我也是看到那些神奇寶貝的屍體才回憶起來的。）
“那又怎麼樣？你依舊是我的家人，你看，這裏還有一個和你一樣被改造的孩子呢，不是嗎？”小修指著在隔壁房間睡覺的波士可多拉。
（是啊，我想我和那些孩子們一樣，都是以前的意識被殺掉，然後重新塑造出一個新人格。）
“或許是這樣，但你依舊是你，小蜻，你是我的家人，其他的神奇寶貝也是，我不會拋棄你們的，我想和你們永遠在一起，這是我的想法，所以我要成為精靈掌門人，保護你們。”
（謝謝你，小修。）
“不過我怎麼也沒想到在超古代也有神奇寶貝的改造實驗，我現在隻要一想到那些混蛋這樣對待神奇寶貝的屍體！我就想回到過去！把那些混蛋全宰了！”
（先不說你有沒有回到過去的能力，就算你回去了，我也會阻止你這麼做的。）
“為什麼！小青你應該是最恨那些家夥的吧？”
（我承認，我恨他們，但那又怎樣？做和他們一樣的事，殘害生命？我做不到。）
“嗬嗬，我沒想到最成熟的是你啊，小蜻。”
（別這麼說。）
“不過跟你這麼一聊天，我突然覺得，我以前很不成熟呢。”
（廢話，你隻是孩子。）
“你不明白，我哇啊”小修正準備說些什麼，就被那隻波士可多拉被緊緊抱住，這不算什麼，哪怕被它抱得再緊，都不如它說的一句話：（爸爸。）
沒錯！就是爸爸！他怎麼也沒想到！這隻波士可多拉會叫他爸爸！他還沒結婚娶妻生子呢！就有個這麼大這麼壯的兒子了！還不是人！他想死得心都有了。
（姐姐。）波士可多拉對小蜻說。
（嗯，乖）小蜻輕輕地撫摸它的頭。
（不歸它取名字嗎？隻要是你的家人你都會取名字的，更何況，這是你‘兒子’。）
“你是故意損我的吧？你絕對是故意損我的吧！算了，就叫它戰車吧。”
（戰車？這是我的名字？太好了！我有名字了！謝謝你爸爸！爸爸我愛你！）
“別爸爸爸爸地叫我！在我聽來怪惡心的！”小修真想哭出來的說。
“小修，小蜻它們還好吧？”此時小智走來問候道。
（是小智啊，沒問題了，明天就可以出院了。）
“是嗎，那就太好了。”
（媽媽！）
全場寂靜。
“不，不好意思，麻煩你重說一遍，你剛剛叫他什麼？”小修開始懷疑自己的耳朵是不是出問題了。
（就是媽媽啊，爸爸。）
又是一場寂靜。
（噗！哈哈哈哈啊哈哈哈）小蜻徹底憋不住了，大肆嘲笑起來。
“你怎麼會叫我媽媽呢！而且叫小修就是爸爸！”小智崩潰的說。
“哈哈哈哈！我想是因為你變性以後比我還有女人味的原因吧？哈哈哈哈！我真想讓你變成真的媽媽呢！”小修無情嘲笑小智說。
“別開玩笑了！我才不想一直都是女孩子的樣子呢！”
“可是從它叫我是爸爸我就覺得，我應該個它一個真正的媽媽好一點不是嗎？”
“你夠了！你當媽媽得了！”
“在樣貌上，你更適合哦。小蜻，跟小智合體去。”
（料該！）了解！
“別想！”小智轉身就逃。
“把小智抓回來！”（哦）2
就這樣，一場追逐戰就此展開，最終還是小霞一拳把小智和小修打倒，阻止了這場鬧劇。
不過最終小智還是被迫變成了小慧，因為那隻喜歡小智的大嘴娃突然撲向小智，再加上小修從中作梗，結果小智和大嘴娃合體，不得不說，和大嘴娃合體後的小智長得還挺可愛的，一頭清爽的單馬尾，紅色之間帶有黑色的異瞳，再加上黃色的連衣裙，簡直就是一個陽光少女，不過變回小慧後，小智的人格就好像隱藏了起來，徹底變成了小慧，舉手之間散發出貴族的氣質，還非常的有禮貌，看上去就像是一名淑女，配合她那男女通殺的妖精麵容，徹底征服了在場所有人的心。大家甚至開始統一決定，以後就讓小智一直保持小慧這個樣子更好。
可惜一個小時過後，小慧又變回了小智，還把小修推倒在地上大打出手，不過小修又豈會如他所願，跟小智幹起架來，小茂還插上去一腳，最終變成了三人混戰，打了整整兩個小時他們三個才停了下來，而且停下來的原因還是打著打著睡著了！